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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001882

染色体: Chr03 坐标: 26192026-26197219 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001882
名称SmilChr03G001882
描述uncharacterized SmilChr03G001882
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向26192026 - 26197219 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013947
GeneID131013947
locus_tag-
NCBI NameLOC131013947
原始查询SmilChr03G001882

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0827300; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os02g0827300; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT4G21660 (AT4G21660)
proline-rich spliceosome-associated (PSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828253]
identity=60.4; qcov=0.972; evalue=7.93e-31; confidence=medium
RiceOs02g0827300
-
identity=62.7; qcov=1.01; evalue=2.77e-32; confidence=medium
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005634 (nucleus); GO:0005684 (U2-type spliceosomal complex); GO:0005686 (U2 snRNP); GO:0005689 (U12-type spliceosomal complex); GO:0071011 (precatalytic spliceosome); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG-
PfamPF04037 (DUF382)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013947

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797865.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057797864.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057797865.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057797864.1
5 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057797865.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:26192357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B82
Chr3:26192360 CTT * 2bp_deletion CDS_variant 1 B98
Chr3:26192380 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 12 A16,B28,B65,B83,B87,C14,C35,C59,C85,C9,D1,D4
Chr3:26192386 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 8 B1,B11,B118,B36,C24,C42,C71,C83
Chr3:26192401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr3:26192673 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B13,C2
Chr3:26192673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C2
Chr3:26192700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:26192890 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 14 A4,B103,B105,B107,B123,B85,B86,C17,C19,C21,C37,C75,C77,D8
Chr3:26192918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B83
Chr3:26192947 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:26193307 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B105

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797864.1
129 aa
N
1
64
129
DUF382
C
PF04037 DUF382 24-81 aa
XP_057797865.1
109 aa
N
1
54
109
DUF382
C
PF04037 DUF382 4-61 aa
XP_057797866.1
109 aa
N
1
54
109
DUF382
C
PF04037 DUF382 4-61 aa
XP_057797867.1
109 aa
N
1
54
109
DUF382
C
PF04037 DUF382 4-61 aa
XP_057797868.1
109 aa
N
1
54
109
DUF382
C
PF04037 DUF382 4-61 aa
XP_057797869.1
109 aa
N
1
54
109
DUF382
C
PF04037 DUF382 4-61 aa
XP_057797870.1
109 aa
N
1
54
109
DUF382
C
PF04037 DUF382 4-61 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797864.1 Pfam PF04037 DUF382 Family 24 81 3.3e-22 79.7 Domain of unknown function (DUF382)
XP_057797865.1 Pfam PF04037 DUF382 Family 4 61 1.4e-21 77.7 Domain of unknown function (DUF382)
XP_057797866.1 Pfam PF04037 DUF382 Family 4 61 1.4e-21 77.7 Domain of unknown function (DUF382)
XP_057797867.1 Pfam PF04037 DUF382 Family 4 61 1.4e-21 77.7 Domain of unknown function (DUF382)
XP_057797868.1 Pfam PF04037 DUF382 Family 4 61 1.4e-21 77.7 Domain of unknown function (DUF382)
XP_057797869.1 Pfam PF04037 DUF382 Family 4 61 1.4e-21 77.7 Domain of unknown function (DUF382)
XP_057797870.1 Pfam PF04037 DUF382 Family 4 61 1.4e-21 77.7 Domain of unknown function (DUF382)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097917.1
AATATCAAGAATTGAATATTAAAAGTGAAAAAAAAGAAAAGAAAAAAGGAATAGATTTTATTTAGGAAATTTAGAAATTAACCCCCAAAACTACAAGCCCTAGTTTTTGTTCGTCTGTCTCTCGACTCTCTCTCTTCCCTCTCGACTCCGCCGCCGGCGCCGCTGCCCCGCGCCGGCCCGTCGCCGCCCACCCTCGCTGCTGCCTCGCGCCGCTGCCGCCCACCCTCGCTGCGTCTCATCTCCTCCCCAAATCTCTCTCT...
XM_057941885.1
TTTAAATATCAAGAATTGAATATTAAAAGTGAAAAAAAAGAAAAGAAAAAAGGAATAGATTTTATTTAGGAAATTTAGAAATTAACCCCCAAAACTACAAGCCCTAGTTTTTGTTCGTCTGTCTCTCGACTCTCTCTCTTCCCTCTCGACTCCGCCGCCGGCGCCGCTGCCCCGCGCCGGCCCGTCGCCGCCCACCCTCGCTGCTGCCTCGCGCCGCTGCCGCCCACCCTCGCTGCGTCTCATCTCCTCCCCAAATCTCT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131013947
ATGAGAACAAAGGGAAAGAGAGGTATTGAAAAGCAGCCTTTTCAACTTCCTGATTTCATTGCTGCCACAGGAATCGAGAAAATCAGACAAGCTTACATTGAAAAGGAGAATAGTAAGAAGTTGAAACAAAAGCAACGTGAGAGAATGCAGCCTAAAATGGGAAAGATGGACATTGATTATCAGGAAGAACCAGTTGATAAGACTAAGCACTGGGGTGACTTGGAGGAGGAGGAAAAGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAGGA...
LOC131013947
ATGAGAACAAAGGGAAAGAGAGGTATTGAAAAGCAGCCTTTTCAACTTCCTGATTTCATTGCTGCCACAGGAATCGAGAAAATCAGACAAGCTTACATTGAAAAGGAGAATAGTAAGAAGTTGAAACAAAAGCAACGTGAGAGAATGCAGCCTAAAATGGGAAAGATGGACATTGATTATCAGGAAGAACCAGTTGATAAGACTAAGCACTGGGGTGACTTGGAGGAGGAGGAAAAGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAGGA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057797864.1
MNTRLCFKITCLSHISLSLMAAFQGKRGIEKQPFQLPDFIAATGIEKIRQAYIEKENSKKLKQKQRERMQPKMGKMDIDYQEEPVDKTKHWGDLEEEEKEEEEEEEEEEEQMAEEELEDGIQSVDSLSR
XP_057797865.1
MRTKGKRGIEKQPFQLPDFIAATGIEKIRQAYIEKENSKKLKQKQRERMQPKMGKMDIDYQEEPVDKTKHWGDLEEEEKEEEEEEEEEEEQMAEEELEDGIQSVDSLSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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