Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001895

染色体: Chr03 坐标: 26459363-26460371 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001895
名称SmilChr03G001895
描述zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 5-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向26459363 - 26460371 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013954
GeneID131013954
locus_tag-
NCBI NameLOC131013954
原始查询SmilChr03G001895

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 5-like
产物zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 5-like
ArabidopsisAT3G12630 (SAP5)
A20/AN1-like zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820443]
identity=43.2; qcov=1.12; evalue=2.08e-36; confidence=medium
RiceOs09g0486500 (SAP1)
-
identity=69.2; qcov=0.451; evalue=8.38e-29; confidence=medium
GOGO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG-
PfamPF01428 (zf-AN1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013954

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797872.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057797872.1
3 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057797872.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057797872.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797872.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:26459862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,C72,D11
Chr3:26459869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B28,B50
Chr3:26460121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797872.1
144 aa
N
1
72
144
zf-AN1
C
PF01428 zf-AN1 83-122 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797872.1 Pfam PF01428 zf-AN1 Domain 83 122 1.1e-11 45.4 AN1-like Zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941889.1
CAATTAAATTGCACTTCCAAGTCTTTATAAAGACGGGAGGAAAAACAATAAAGGAGAAGAGGGCAAGAATGTCATTAAACATGGCACAAACTCTTGATGCCCATATCAACGCGTTCCGATATTCCAACTCCTCAAAATACTCGCCCCATATTTTATCCCAAATCTTAAATATAACCCACAGATTCCCCAATTCCAATTCATTTCCCTTTTCCCTTTCGCAAAATCCAATTCAACATTTTCCACTCATTTCACATATTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013954
ATGGCCCAAAAGAGAGACAAAGAAGAAACCGAGCTCAAGGTCCCAGAAAACCTACCAATATGCAGCCCGCCGCAGACGATAGCCGCACCTCCGCCGCATCTCCCCGCCGCCAGACTGCCCGAGAGCTCAGATCCGGACCTCCCGAGCGCGTCCGACCGGAGAACCGGATCCGCGGCGGCTCCGGAGAGGCCCGATCTGCAGATCCGAGGGGCGCTGAAGAGACCTAGAGAAAAAGAGGTGACCCGTTGCTCCGGGTCGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797872.1
MAQKRDKEETELKVPENLPICSPPQTIAAPPPHLPAARLPESSDPDLPSASDRRTGSAAAPERPDLQIRGALKRPREKEVTRCSGSGCRKRIGLMGFRCKCGDVFCSEHRYSDRHDCSYDYKAAGRDAIAKENPVIRAAKLLKV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器