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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001912

染色体: Chr03 坐标: 26746183-26749116 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001912
名称SmilChr03G001912
描述uncharacterized SmilChr03G001912
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向26746183 - 26749116 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018605
GeneID131018605
locus_tag-
NCBI NameLOC131018605
原始查询SmilChr03G001912

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
PfamPF31073 (DUF8803)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018605

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057803301.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057803301.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803301.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803301.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803301.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:26746195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:26746232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C30
Chr3:26746263 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C38
Chr3:26746263 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C38
Chr3:26746269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,B58,B69,B75
Chr3:26746273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C45,C54
Chr3:26746277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B45,B58,B69,B75
Chr3:26746282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B42,B43,B90,B92
Chr3:26746296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B17,B21,C30,C54
Chr3:26746302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr3:26746348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,A18,B58,B69,B75
Chr3:26746365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B132,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803301.1
248 aa
N
1
124
248
DUF8803
C
PF31073 DUF8803 175-235 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803301.1 Pfam PF31073 DUF8803 Domain 175 235 5.4e-09 36.5 Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947318.1
ATGGATATTCACAAACCTGTTGATGGGGGAAGCACTACCAAGGAAAAGGGAGCTGATTTACCTGCACCAGCTGCAGCTGCAACTGCACCCAAACTTGAGCTGAAGCCACTTCCCGAGCATTTGAGATGGGTGGAGGCGATCCCAACTGTCACTAATGATTCTAAGGCGGAGTTGGCCAATCGAGAGATCAAGCAAATTTTGGAGAAGAGCATCGCAAACAGGAAAGATTGGGCAAAACATTTGGATGATGCTCTTTGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018605
ATGGATATTCACAAACCTGTTGATGGGGGAAGCACTACCAAGGAAAAGGGAGCTGATTTACCTGCACCAGCTGCAGCTGCAACTGCACCCAAACTTGAGCTGAAGCCACTTCCCGAGCATTTGAGATGGGTGGAGGCGATCCCAACTGTCACTAATGATTCTAAGGCGGAGTTGGCCAATCGAGAGATCAAGCAAATTTTGGAGAAGAGCATCGCAAACAGGAAAGATTGGGCAAAACATTTGGATGATGCTCTTTGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803301.1
MDIHKPVDGGSTTKEKGADLPAPAAAATAPKLELKPLPEHLRWVEAIPTVTNDSKAELANREIKQILEKSIANRKDWAKHLDDALWVYRTAYKTPIGMSLYQLVFSKSCHLPDEIEHKAYWATRRINLKFKEAGHTRRDLLTELDKWMNEAYESSRIYKERAKKFHDLSIRTKEFKPGHEVLLYDSKLRLFPGKLQSRWRGPYVVHKSNRNGTYELLASNGSTFTVNGHRLKPYFKAELVEVVNFVDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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