当前解析结果
SmilChr03G001915| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001915 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001915 |
| 描述 | chromatin structure-remodeling complex protein SYD-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 26802450 - 26806550 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018606 |
|---|---|
| GeneID | 131018606 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018606 |
| 原始查询 | SmilChr03G001915 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chromatin structure-remodeling complex protein SYD-like |
| 产物 | chromatin structure-remodeling complex protein SYD-like |
| Arabidopsis | AT2G28290 (SYD)P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817375] identity=41; qcov=0.846; evalue=3.15e-65; confidence=medium |
| Rice | Os06g0255200 (P0592E11.17-2)- identity=50; qcov=0.365; evalue=5.82e-36; confidence=low |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018606 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057803302.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057803302.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057803302.1 |
| 4 | Nuclear body | 核内小体 | 0.20000 | XP_057803302.1 |
| 5 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057803302.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:26804078 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A22,B11,B78,B80,C40 |
Chr3:26804657 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B2,B59,B72,B80,B98 |
Chr3:26804741 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B46,D3 |
Chr3:26804958 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。