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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001925

染色体: Chr03 坐标: 27006361-27013568 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001925
名称SmilChr03G001925
描述uncharacterized SmilChr03G001925
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向27006361 - 27013568 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013975
GeneID131013975
locus_tag-
NCBI NameLOC131013975
原始查询SmilChr03G001925

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0315200
-
identity=35.1; qcov=0.458; evalue=2.22e-27; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057797899.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057797899.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057797899.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057797899.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057797899.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:27010331 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A13,A7,B111,B117,B118,B42,B47,B50,B86,B88,C11,C33,C36
Chr3:27010357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr3:27010358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C17,C18,C23,D6
Chr3:27010371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr3:27010375 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 7 B105,B18,B23,B45,C18,C23,D6
Chr3:27010389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B88
Chr3:27010411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B40
Chr3:27010419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B72,C80
Chr3:27010420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr3:27010440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr3:27010474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B47,B99,C33,C61
Chr3:27010478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797899.1
367 aa
N
1
184
367
Ty3_capsid
PEG10_N-capsid
zf-CCHC
C
PF19259 Ty3_capsid 62-224 aa PF03732 PEG10_N-capsid 63-141 aa PF00098 zf-CCHC 322-338 aa
XP_057797900.1
367 aa
N
1
184
367
Ty3_capsid
PEG10_N-capsid
zf-CCHC
C
PF19259 Ty3_capsid 62-224 aa PF03732 PEG10_N-capsid 63-141 aa PF00098 zf-CCHC 322-338 aa
XP_057797901.1
367 aa
N
1
184
367
Ty3_capsid
PEG10_N-capsid
zf-CCHC
C
PF19259 Ty3_capsid 62-224 aa PF03732 PEG10_N-capsid 63-141 aa PF00098 zf-CCHC 322-338 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797899.1 Pfam PF19259 Ty3_capsid Domain 62 224 1.1e-08 35.4 Ty3 transposon capsid-like protein
XP_057797899.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 63 141 5.3e-14 53.0 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057797899.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 322 338 1e-05 26.1 Zinc knuckle
XP_057797900.1 Pfam PF19259 Ty3_capsid Domain 62 224 1.1e-08 35.4 Ty3 transposon capsid-like protein
XP_057797900.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 63 141 5.3e-14 53.0 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057797900.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 322 338 1e-05 26.1 Zinc knuckle
XP_057797901.1 Pfam PF19259 Ty3_capsid Domain 62 224 1.1e-08 35.4 Ty3 transposon capsid-like protein
XP_057797901.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 63 141 5.3e-14 53.0 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
XP_057797901.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 322 338 1e-05 26.1 Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941917.1
TACGCGTAAATAAAATGCTATGCATGTGTTATGCTTTATAATGCAAATTGGATCTTCAAGTATGGTATGCTTTATTATGCTGCACGTTAAATGATTTACGCTTGATTACGCTTATTTACGCTTGAATGCTTTACGCTGATAAGTTTATGCCTGTGATTGATGCTTGCGTCTGTTGGGGGAGGCCTCCCTCAACAGTACGATGCCGTGTCCGCTGAGGAGGGCCTTCCTCACGGCGCGATGCCCGTGTCCGCTGAGGGAGG...
XM_057941918.1
TACGCGTAAATAAAATGCTATGCATGTGTTATGCTTTATAATGCAAATTGGATCTTCAAGTATGGTATGCTTTATTATGCTGCACGTTAAATGATTTACGCTTGATTACGCTTATTTACGCTTGAATGCTTTACGCTGATAAGTTTATGCCTGTGATTGATGCTTGCGTCTGTTGGGGGAGGCCTCCCTCAACAGTACGATGCCGTGTCCGCTGAGGAGGGCCTTCCTCACGGCGCGATGCCCGTGTCCGCTGAGGGAGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131013975
ATGCTAGAGTGTACTAATTGGCACATCCCTGCTATCAGAATGCCGCCTAAGAGAGGACGCCCTGTGAGAAACAATAACAATCGCAGAAATCATAACGCTGTACCAGAAGAACCACAAGATGCTCGAGGACATAACCCATCCCCTCCGCCCCCGACTAGGAGAGTCGAAGAACTCTTTTTAAGGCAAAACCCACCTACGTTTGACGGAACGAGTGAACCAGCTGAAGCTGAGATTTGGGTGCGTGCAATGGAACGCATCTT...
LOC131013975
ATGCTAGAGTGTACTAATTGGCACATCCCTGCTATCAGAATGCCGCCTAAGAGAGGACGCCCTGTGAGAAACAATAACAATCGCAGAAATCATAACGCTGTACCAGAAGAACCACAAGATGCTCGAGGACATAACCCATCCCCTCCGCCCCCGACTAGGAGAGTCGAAGAACTCTTTTTAAGGCAAAACCCACCTACGTTTGACGGAACGAGTGAACCAGCTGAAGCTGAGATTTGGGTGCGTGCAATGGAACGCATCTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057797899.1
MLECTNWHIPAIRMPPKRGRPVRNNNNRRNHNAVPEEPQDARGHNPSPPPPTRRVEELFLRQNPPTFDGTSEPAEAEIWVRAMERIFNFLRCTDEERLSCVSFQLTGSADFWWEARRKILTPEQWASYTWEDFKTGLYDKYIPKSYRKKKEAEFYELKQGKKSVVEYDKEFCNLSRFAPQQVDTDEKMAEKFCAGLRHEIRMTLASHGGLSYTESLNRALDIEAAMPSDKSAPPFISTPNNPPVASHTLKGKRKWDNNED...
XP_057797900.1
MLECTNWHIPAIRMPPKRGRPVRNNNNRRNHNAVPEEPQDARGHNPSPPPPTRRVEELFLRQNPPTFDGTSEPAEAEIWVRAMERIFNFLRCTDEERLSCVSFQLTGSADFWWEARRKILTPEQWASYTWEDFKTGLYDKYIPKSYRKKKEAEFYELKQGKKSVVEYDKEFCNLSRFAPQQVDTDEKMAEKFCAGLRHEIRMTLASHGGLSYTESLNRALDIEAAMPSDKSAPPFISTPNNPPVASHTLKGKRKWDNNED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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