当前解析结果
SmilChr03G001945| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001945 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001945 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G001945 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 27727292 - 27730928 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018610 |
|---|---|
| GeneID | 131018610 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018610 |
| 原始查询 | SmilChr03G001945 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G05850 (MUG7)MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=26.7; qcov=0.723; evalue=2.59e-38; confidence=low |
| Rice | Os12g0597300- identity=29.1; qcov=0.733; evalue=6.88e-39; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00872 (Transposase_mut); PF10551 (MULE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018610 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057803308.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803308.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803308.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803308.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057803308.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:27727298 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,B22 |
Chr3:27727327 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 10 | B113,B122,B125,B126,B65,B79,C11,C3,C52,D6 |
Chr3:27727331 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | B113,B122,B125,B126,B42,B65,B79,C11,C3,C52,D6 |
Chr3:27727337 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr3:27727342 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr3:27727344 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C68 |
Chr3:27727344 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr3:27727353 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr3:27727375 |
C |
CCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 37 | A16,A3,B101,B103,B109,B112,B117,B12,B120,B136,B137,B14,B140,B21,B43,B45,B47,B53,B65,B67,B73,B8,B80,B85,B90,B92,B94,C10,C21,C52,C6,C60,C68,C75,C78,D5,D6 |
Chr3:27727376 |
AGG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 37 | A16,A3,B101,B103,B109,B112,B117,B12,B120,B136,B137,B14,B140,B21,B43,B45,B47,B53,B65,B67,B73,B8,B80,B85,B90,B92,B94,C10,C21,C52,C6,C60,C68,C75,C78,D5,D6 |
Chr3:27727381 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr3:27727383 |
G |
GGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 52 | A16,A3,A6,B101,B103,B106,B109,B112,B113,B117,B12,B120,B122,B123,B125,B126,B129,B136,B137,B14,B140,B21,B25,B35,B42,B43,B45,B47,B53,B65,B67,B73,B79,B8,B80,B85,B90,B92,B94,C10,C21,C52,C6,C60,C64,C66,C68,C75,C78,C83,D5,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803308.1PF00872
Transposase_mut 301-472 aa
PF10551
MULE 302-396 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803308.1 |
Pfam | PF00872 |
Transposase_mut | Family | 301 | 472 | 8.2e-11 | 42.1 | Transposase, Mutator family |
XP_057803308.1 |
Pfam | PF10551 |
MULE | Domain | 302 | 396 | 9.1e-20 | 71.6 | MULE transposase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。