当前解析结果
SmilChr03G001946| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001946 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001946 |
| 描述 | NAD(H) kinase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 27772395 - 27783245 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013997 |
|---|---|
| GeneID | 131013997 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013997 |
| 原始查询 | SmilChr03G001946 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAD(H) kinase 1-like |
| 产物 | NAD(H) kinase 1-like |
| Arabidopsis | AT3G21070 (NADK1)NAD kinase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821659] identity=77; qcov=0.908; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0957000- identity=70.7; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003951 (NAD+ kinase activity); GO:0006741 (NADP+ biosynthetic process); GO:0019674 (NAD+ metabolic process) |
| KEGG | smil00760 (Nicotinate and nicotinamide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01513 (NAD_kinase); PF20143 (NAD_kinase_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013997 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057797915.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057797916.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057797915.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797915.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797915.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:27778558 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B137,B16,B2 |
Chr3:27782790 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B13,B139,B87,C72 |
Chr3:27782816 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B108,B123,B46,C23 |
Chr3:27782976 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B78,C27 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797915.1PF01513
NAD_kinase 220-341 aa
PF20143
NAD_kinase_C 373-491 aa
XP_057797916.1PF01513
NAD_kinase 134-255 aa
PF20143
NAD_kinase_C 287-405 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797915.1 |
Pfam | PF01513 |
NAD_kinase | Domain | 220 | 341 | 9.5e-19 | 68.7 | ATP-NAD kinase N-terminal domain |
XP_057797915.1 |
Pfam | PF20143 |
NAD_kinase_C | Domain | 373 | 491 | 7.8e-32 | 110.4 | ATP-NAD kinase C-terminal domain |
XP_057797916.1 |
Pfam | PF01513 |
NAD_kinase | Domain | 134 | 255 | 7.3e-19 | 69.1 | ATP-NAD kinase N-terminal domain |
XP_057797916.1 |
Pfam | PF20143 |
NAD_kinase_C | Domain | 287 | 405 | 5.7e-32 | 110.8 | ATP-NAD kinase C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。