Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001958

染色体: Chr03 坐标: 27992014-27993234 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001958
名称SmilChr03G001958
描述uncharacterized SmilChr03G001958
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向27992014 - 27993234 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018615
GeneID131018615
locus_tag-
NCBI NameLOC131018615
原始查询SmilChr03G001958

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018615

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803312.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057803312.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057803312.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057803312.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057803312.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:27992056 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B95
Chr3:27992056 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B95
Chr3:27992064 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr3:27992070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr3:27992081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C23
Chr3:27992116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,B75,B9
Chr3:27992182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B137,B16,B2,C19
Chr3:27992192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C57
Chr3:27992250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C57
Chr3:27992255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr3:27992292 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B136,C57
Chr3:27992292 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947329.1
ATGGTCAGAGAAGACAATCCGGCCAATAAGACCCTTCGGGAGATGATGTTCCCAAACAATCTGAACCTCCGACCTATGGGCATAGTGTTGCCAAATATCACTGGGAATTGGGAGTTGAAGCACACCCTGATCCAGATCTTACCCAAATACAGTGATATGCCCGGAGAGGACCCTATGCGGCACTTGCAAGATTTCGAGATGGCTTGTGGAACTATCCGCACCGCATTTCCTGCCCTTACTGAGTACATCCGACTCCTTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018615
ATGGTCAGAGAAGACAATCCGGCCAATAAGACCCTTCGGGAGATGATGTTCCCAAACAATCTGAACCTCCGACCTATGGGCATAGTGTTGCCAAATATCACTGGGAATTGGGAGTTGAAGCACACCCTGATCCAGATCTTACCCAAATACAGTGATATGCCCGGAGAGGACCCTATGCGGCACTTGCAAGATTTCGAGATGGCTTGTGGAACTATCCGCACCGCATTTCCTGCCCTTACTGAGTACATCCGACTCCTTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803312.1
MVREDNPANKTLREMMFPNNLNLRPMGIVLPNITGNWELKHTLIQILPKYSDMPGEDPMRHLQDFEMACGTIRTAFPALTEYIRLLTFLFSLQEGAREWLYILPESSITTWQQLQQKFLERYFPVSRIQSLRTRISNIKMGDGEILYDYWGRFKQMLAKCLQHQIPAHDLVRYFVGGLRRQERQWLHAACGGSILNKSAADAFELIANMAEESRDEEGTIERMSPPEPSSAQDDKIDKLCIALEKFMSNQIPLIKKPVKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器