当前解析结果
SmilChr03G001989| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001989 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001989 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G001989 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 29168575 - 29170513 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018625 |
|---|---|
| GeneID | 131018625 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018625 |
| 原始查询 | SmilChr03G001989 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018625 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057803324.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057803324.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057803324.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057803324.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803324.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:29168583 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 27 | A11,A14,A2,A20,A21,A23,A3,A7,B108,B115,B125,B129,B130,B138,B18,B52,B59,B6,B62,B66,B70,B93,C31,C53,C55,C67,C69 |
Chr3:29168586 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B59,B98,D10 |
Chr3:29168601 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B39,B46,B6,C67 |
Chr3:29168642 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 15 | A24,B107,B128,B134,B24,B37,B41,B62,B7,C11,C16,C49,C66,C69,C71 |
Chr3:29168667 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 35 | A1,A19,A2,A25,B113,B114,B115,B120,B121,B124,B126,B16,B26,B37,B40,B49,B6,B60,B72,B77,B78,B86,C10,C21,C33,C46,C50,C53,C56,C63,C65,C69,C73,C78,D3 |
Chr3:29168685 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 21 | A10,A4,A9,B105,B109,B114,B117,B120,B3,B30,B59,B65,B85,B92,C30,C34,C54,C56,C6,C65,C77 |
Chr3:29168687 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,D10 |
Chr3:29168706 |
G |
GAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 37 | A1,A10,A16,A24,A9,B109,B120,B134,B135,B17,B24,B3,B30,B37,B41,B57,B62,B65,B67,B7,B85,B92,C16,C30,C32,C34,C49,C56,C62,C63,C68,C69,C71,C76,C79,C8,C81 |
Chr3:29168711 |
T |
TCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 126 | A13,A14,A16,A18,A19,A20,A23,A25,A4,A5,A6,A7,A8,B10,B101,B103,B105,B107,B109,B110,B111,B113,B114,B118,B119,B121,B124,B125,B127,B128,B13,B131,B133,B134,B136,B137,B138,B139,B15,B16,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B3,B32,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B45,B49,B5,B52,B54,B6,B61,B62,B63,B71,B72,B75,B77,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B9,B90,B91,B92,B95,B98,C14,C19,C2,C20,C22,C25,C26,C28,C29,C34,C36,C37,C39,C40,C43,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C6,C65,C67,C70,C72,C73,C74,C77,C79,C82,C84,C85,C87,C9,D4,D6,D7,D8 |
Chr3:29168730 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,D10 |
Chr3:29168759 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B102,B35,C3,C74 |
Chr3:29168776 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,C30 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。