当前解析结果
SmilChr03G002012| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002012 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002012 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G002012 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 30075371 - 30076000 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018633 |
|---|---|
| GeneID | 131018633 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018633 |
| 原始查询 | SmilChr03G002012 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14303 (NAM-associated) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018633 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057803330.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803330.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803330.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803330.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057803330.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:30075375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B136,B98,C29 |
Chr3:30075375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B136,B98,C29 |
Chr3:30075376 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B73 |
Chr3:30075376 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr3:30075380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C24,D9 |
Chr3:30075381 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr3:30075401 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,C33,C75 |
Chr3:30075412 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C29 |
Chr3:30075412 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C29 |
Chr3:30075419 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr3:30075433 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B109,C62 |
Chr3:30075486 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B51,C63 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803330.1PF14303
NAM-associated 86-196 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803330.1 |
Pfam | PF14303 |
NAM-associated | Family | 86 | 196 | 2.2e-06 | 29.3 | No apical meristem-associated C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。