Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002013`

染色体: Chr03 坐标: 30076009-30077247 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002013`
名称	SmilChr03G002013
描述	uncharacterized SmilChr03G002013
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	30076009 - 30077247 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018634`
GeneID	`131018634`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018634`
原始查询	`SmilChr03G002013`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=53.2; qcov=0.306; evalue=1.45e-36; confidence=low
Rice	`Os06g0597250` - identity=52.4; qcov=0.96; evalue=8.71e-148; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018634

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803331.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057803331.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057803331.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803331.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803331.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:30076052`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,C49
`Chr3:30076099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B72,C49
`Chr3:30076099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,C49
`Chr3:30076123`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,C11,C14
`Chr3:30076133`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C11
`Chr3:30076145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B24,B80,B91
`Chr3:30076157`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr3:30076168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B93,C11,C58
`Chr3:30076207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,C23,C35,C43,C79
`Chr3:30076218`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr3:30076222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,C23
`Chr3:30076234`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A20,B7,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803331.1

405 aa

202

405

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 29-68 aa PF04827 Plant_tran 137-339 aa PF13359 DDE_Tnp_4 166-329 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803331.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	29	68	7.7e-22	77.5	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057803331.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	137	339	5.6e-106	353.4	Plant transposon protein
`XP_057803331.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	166	329	2e-08	34.7	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947348.1
ATGCTCATAAACAATCCCAATCTTATTTTAGGAACTTCTTCTTCCACCACTAAAAAAAGGTATTGTGATAGGGAACGTGAAGTTGGTGAGCAACGTTTGATGAGTGATTATTTTGTCCCTAATCCAACGTATACTCCGGAGCTCTTCCGGCGTAGATTTCGCATGCAAAAATCATTGTTCCTTCGTATAGTAGATGTTGTTACTGCTAACGATGAATATTTTCAACAGAGACCCGATTGCACTGGTAGGCAAGGCCTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018634
ATGCTCATAAACAATCCCAATCTTATTTTAGGAACTTCTTCTTCCACCACTAAAAAAAGGTATTGTGATAGGGAACGTGAAGTTGGTGAGCAACGTTTGATGAGTGATTATTTTGTCCCTAATCCAACGTATACTCCGGAGCTCTTCCGGCGTAGATTTCGCATGCAAAAATCATTGTTCCTTCGTATAGTAGATGTTGTTACTGCTAACGATGAATATTTTCAACAGAGACCCGATTGCACTGGTAGGCAAGGCCTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803331.1
MLINNPNLILGTSSSTTKKRYCDREREVGEQRLMSDYFVPNPTYTPELFRRRFRMQKSLFLRIVDVVTANDEYFQQRPDCTGRQGLSPLQKCTGAMRVLAYGTATDAVDEYLRMSSTVTRDAVIHFVEGIISCFGDTYLRRPNQQDLQRLLYVGEQRGFPGMIGSIDCMHWEWKNCPTAWAGQYAGRSGKPTIILEAVASYDLWIWHAFFGTPGSCNDINVLHRSPVFSDILEGRAPNISYVVNGRQNDRAYYLTDGIYP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器