Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002018`

染色体: Chr03 坐标: 30191607-30194001 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002018`
名称	SmilChr03G002018
描述	uncharacterized SmilChr03G002018
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	30191607 - 30194001 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018637`
GeneID	`131018637`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018637`
原始查询	`SmilChr03G002018`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0627900; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os03g0627900; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os03g0627900` - identity=49.1; qcov=0.731; evalue=7.37e-53; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF24626 (SH3_Tf2-1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018637

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803335.1`
2	Chromosome	染色体	0.80000	`XP_057803335.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057803335.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803335.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803335.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:30191609`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B39,B76
`Chr3:30191613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,C2
`Chr3:30191615`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B34,D10
`Chr3:30191623`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A18,B108,B136,B140,B65,B72,C16,C21,C30,C79
`Chr3:30191631`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,D11
`Chr3:30191636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,C8
`Chr3:30191638`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B134,B85,C79
`Chr3:30191638`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B134,B85,C79
`Chr3:30191650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B16,B2,C19
`Chr3:30191659`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A18,B108,B140,B18,B37,B61,B65,C16
`Chr3:30191664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,B76
`Chr3:30191700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803335.1

242 aa

121

242

SH3_Tf2-1

PF24626 SH3_Tf2-1 69-134 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803335.1`	Pfam	`PF24626`	SH3_Tf2-1	Domain	69	134	4e-26	91.6	Tf2-1-like, SH3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947352.1
ATGGCTCTGTATGAAGCTCTTTATGGAAAGAAGCGTAGATCACCACTTTACTGGGATGAAGTTGGTGAGAGAAAAGTGTTAGGACCTGACACGGTCGCAAAGATGATTGAGATTGTTCGAAAGATAAGGCAGAGGATCAAAGAAGCGCAAGATAGACAGAAATCTTACGCAGATACCCGCCGCACAGAGTTACATTTCGAGATAGGAGATAAAGTTTTCTTGAAGGTTTCACCCTCGAAAGGGATAAATAGATTTGGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018637
ATGGCTCTGTATGAAGCTCTTTATGGAAAGAAGCGTAGATCACCACTTTACTGGGATGAAGTTGGTGAGAGAAAAGTGTTAGGACCTGACACGGTCGCAAAGATGATTGAGATTGTTCGAAAGATAAGGCAGAGGATCAAAGAAGCGCAAGATAGACAGAAATCTTACGCAGATACCCGCCGCACAGAGTTACATTTCGAGATAGGAGATAAAGTTTTCTTGAAGGTTTCACCCTCGAAAGGGATAAATAGATTTGGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803335.1
MALYEALYGKKRRSPLYWDEVGERKVLGPDTVAKMIEIVRKIRQRIKEAQDRQKSYADTRRTELHFEIGDKVFLKVSPSKGINRFGVKGKLKPRFIGPYEILEKIGPVAYRLASPPSFENVHNVFHVSQLRRYVFDPKHVVYQDEMVLEPDLSYEESPEIILNRKIQQLRTKSIALLLDNREKKKQAMAENFDLEAMWRIIAELQRQLNERRQIKEANRRAQPPPPPSLLDYMYQSQVGQFD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器