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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002036

染色体: Chr03 坐标: 30721295-30721639 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002036
名称SmilChr03G002036
描述uncharacterized SmilChr03G002036
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向30721295 - 30721639 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018647
GeneID131018647
locus_tag-
NCBI NameLOC131018647
原始查询SmilChr03G002036

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018647

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803346.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803346.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803346.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803346.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803346.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:30721337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B114,B25,B88
Chr3:30721360 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 11 B102,B22,B26,B53,B58,B7,B83,C29,C59,C77,C79
Chr3:30721377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B64,C24,D11
Chr3:30721411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B80,B95,B98,C50
Chr3:30721433 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 27 A1,B104,B108,B114,B119,B125,B17,B25,B26,B27,B42,B60,B7,B8,B88,C11,C13,C16,C20,C21,C42,C52,C59,C68,C72,C9,D8
Chr3:30721434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B42,B43,B90,B92
Chr3:30721441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B86
Chr3:30721471 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B35,B64,C24,D11
Chr3:30721471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B64,C24,D11
Chr3:30721492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr3:30721529 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B34,B80,B95,B97,C50
Chr3:30721564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B41,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947363.1
ATGGAGGAGTTGGATGAACTACGCAACGAGGCGTACGAGAATGTAAGGATCTACAAGGATAAAGTGAAGCGATTGCACGATCGCCACATTTGCCATAAGAAGCTTTGCCCCAGAATGAAGGTGCTCTTGTTCAATTCTCGACTGAAGTTGTTCCCGGGTAAGCTGAAATCTAGATGGAGTGGTCTGTTTCTAATTAAGGAGGTGTTTGAGCATGGTGCTGTCGAACTATTCAATGAAAACACGAAGGAGAGCTTCAAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018647
ATGGAGGAGTTGGATGAACTACGCAACGAGGCGTACGAGAATGTAAGGATCTACAAGGATAAAGTGAAGCGATTGCACGATCGCCACATTTGCCATAAGAAGCTTTGCCCCAGAATGAAGGTGCTCTTGTTCAATTCTCGACTGAAGTTGTTCCCGGGTAAGCTGAAATCTAGATGGAGTGGTCTGTTTCTAATTAAGGAGGTGTTTGAGCATGGTGCTGTCGAACTATTCAATGAAAACACGAAGGAGAGCTTCAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803346.1
MEELDELRNEAYENVRIYKDKVKRLHDRHICHKKLCPRMKVLLFNSRLKLFPGKLKSRWSGLFLIKEVFEHGAVELFNENTKESFKVNGHRVKPYYEHQSPSMEVEAQALHNPS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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