当前解析结果
SmilChr03G002037| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002037 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002037 |
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 7.1 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 30730632 - 30734331 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014048 |
|---|---|
| GeneID | 131014048 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014048 |
| 原始查询 | SmilChr03G002037 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 7.1 |
| 产物 | protein NRT1/ PTR FAMILY 7.1 |
| Arabidopsis | AT5G19640 (AT5G19640)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832084] identity=64.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0716800 (OsNRT1.5B)- identity=62; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00854 (PTR2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014048 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057797954.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797954.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797954.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797954.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797954.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:30730877 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B13,B53,C73 |
Chr3:30730916 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,C31 |
Chr3:30730970 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B55 |
Chr3:30731120 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr3:30731733 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B4 |
Chr3:30731733 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr3:30731815 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B124,B49,B79,B94 |
Chr3:30731843 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:30731987 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr3:30732017 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:30732118 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B63,B83 |
Chr3:30732215 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B15,C11,C35,C63,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797954.1PF00854
PTR2 113-530 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797954.1 |
Pfam | PF00854 |
PTR2 | Family | 113 | 530 | 6.1e-93 | 312.5 | POT family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。