Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002041`

染色体: Chr03 坐标: 30852722-30854433 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002041`
名称	SmilChr03G002041
描述	uncharacterized SmilChr03G002041
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	30852722 - 30854433 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018648`
GeneID	`131018648`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018648`
原始查询	`SmilChr03G002041`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=33.8; qcov=0.309; evalue=5.24e-14; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018648

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803347.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057803347.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057803347.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057803347.1`
5	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057803347.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:30852728`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B121,B22,B35,B64,B80,C24
`Chr3:30852738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr3:30852750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B121,B22,B80,D1
`Chr3:30852788`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B80,B95,B98
`Chr3:30852815`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,B64
`Chr3:30852826`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr3:30852854`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B55,C18,C2
`Chr3:30852864`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B128,B137,B26,B82,C31
`Chr3:30852864`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B137,B26,B82,C31
`Chr3:30852879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr3:30852881`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B35,B64
`Chr3:30852884`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803347.1

470 aa

235

470

zf-CCHC

PF00098 zf-CCHC 241-256 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803347.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	241	256	2.9e-05	24.7	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947364.1
ATGGAACGAATCTTTCGATTTTTGAGTGGCAACGACGCAGAACGTCTTATGTGCATGTCTTACCAGCTGAAAGGAACCGCCGACTATTGGTGGGAAGCAAAGCAGAAAACTATGGCCCCGGAGCAGTTAGATGAACTCACTTGGGAGCTTTTTAAGACTGCTCTGTGTGAAAAGTTCATACCTAGAAGCTATAGGAAAAAGAAGGAGATGGAGTTTACCACTTTGAAGCAAGGAAATAAAACTGTAGTGGAGTACGATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018648
ATGGAACGAATCTTTCGATTTTTGAGTGGCAACGACGCAGAACGTCTTATGTGCATGTCTTACCAGCTGAAAGGAACCGCCGACTATTGGTGGGAAGCAAAGCAGAAAACTATGGCCCCGGAGCAGTTAGATGAACTCACTTGGGAGCTTTTTAAGACTGCTCTGTGTGAAAAGTTCATACCTAGAAGCTATAGGAAAAAGAAGGAGATGGAGTTTACCACTTTGAAGCAAGGAAATAAAACTGTAGTGGAGTACGATCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803347.1
MERIFRFLSGNDAERLMCMSYQLKGTADYWWEAKQKTMAPEQLDELTWELFKTALCEKFIPRSYRKKKEMEFTTLKQGNKTVVEYDRLFYDLARYAPYRVDTDEKMSELICAGLQQEIRVVLASQTALSYAEALNRALDMELAMQPEKATHAPTPPSAQYTQASNTPYSNQGQKGKRKWENRGNEGKKPWQGQNVQPPFVKGDKSFYGGPATSHPGHRGIPPCPKCNKLHTGVCRARNTNCFTCGKPGHYSSQCPNRQQG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器