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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002056

染色体: Chr03 坐标: 31291352-31294071 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002056
名称SmilChr03G002056
描述uncharacterized SmilChr03G002056
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向31291352 - 31294071 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018652
GeneID131018652
locus_tag-
NCBI NameLOC131018652
原始查询SmilChr03G002056

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
ArabidopsisATMG00860
-
identity=32.4; qcov=0.402; evalue=2.77e-06; confidence=low
RiceOs04g0191000
-
identity=37.2; qcov=0.467; evalue=2.8e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018652

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803350.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803350.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057803350.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803350.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803350.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:31291358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B37,B59,B90,C84
Chr3:31291391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,B90
Chr3:31291392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,C18
Chr3:31291416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B68,C2,C85
Chr3:31291421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,C3
Chr3:31291448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B56,C42,C61,C82
Chr3:31291480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,C18,C62
Chr3:31291496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr3:31291504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C72
Chr3:31291525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,D4
Chr3:31291623 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B40,C44
Chr3:31291623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947367.1
ATGGACGACTTCACCGTATATGGGAACTCTTTCGACATATGTTTGAAGCATCTAGAACTCGTCTTGAAAAGATGTGTGGAGAAGAGCCTTGTCCTCAATTATGAAAAGTGTCATTTTATGGTAAGGGAAGGAATAGTGCTTGGCCATGTGATTTCAGAAAGGGGAATTGAAGTGGACAAAGCGAAGGTTGATTCCATCGCCAAATTGCCTTACCCGACTACCGTAAAGCACATACGGGCTTTCCTTGGCCATGCAGGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018652
ATGGACGACTTCACCGTATATGGGAACTCTTTCGACATATGTTTGAAGCATCTAGAACTCGTCTTGAAAAGATGTGTGGAGAAGAGCCTTGTCCTCAATTATGAAAAGTGTCATTTTATGGTAAGGGAAGGAATAGTGCTTGGCCATGTGATTTCAGAAAGGGGAATTGAAGTGGACAAAGCGAAGGTTGATTCCATCGCCAAATTGCCTTACCCGACTACCGTAAAGCACATACGGGCTTTCCTTGGCCATGCAGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803350.1
MDDFTVYGNSFDICLKHLELVLKRCVEKSLVLNYEKCHFMVREGIVLGHVISERGIEVDKAKVDSIAKLPYPTTVKHIRAFLGHAGGELGIGTVWKRAYRGRYRLVYPERAAAARPEPRRPLEPEGPRLVSSESVMLLAEMKEVKDELLMLSAEITTLREAMEAGFKAIMDRLNAEARSSNQND

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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