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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002060

染色体: Chr03 坐标: 31370913-31376747 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002060
名称SmilChr03G002060
描述1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase 2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向31370913 - 31376747 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014075
GeneID131014075
locus_tag-
NCBI NameLOC131014075
原始查询SmilChr03G002060

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase 2-like
产物1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase 2-like
ArabidopsisAT3G57650 (LPAT2)
lysophosphatidyl acyltransferase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824934]
identity=63.2; qcov=0.971; evalue=2.21e-169; confidence=high
RiceOs11g0637800
-
identity=58; qcov=0.921; evalue=4.69e-142; confidence=high
GOGO:0003841 (1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity); GO:0012505 (endomembrane system)
KEGGsmil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00564 (Glycerophospholipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01553 (Acyltransferase); PF16076 (Acyltransf_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014075

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057797979.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057797979.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797979.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797979.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797979.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:31372280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B22,C65
Chr3:31372319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:31372348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr3:31372801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C45
Chr3:31373623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr3:31374107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,C38
Chr3:31375085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr3:31376317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B120,B30,D3
Chr3:31376513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr3:31376570 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C17
Chr3:31376570 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C17
Chr3:31376604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797979.1
378 aa
N
1
189
378
Acyltransferase
Acyltransf_C
C
PF01553 Acyltransferase 83-214 aa PF16076 Acyltransf_C 239-312 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797979.1 Pfam PF01553 Acyltransferase Family 83 214 9e-15 55.4 Acyltransferase
XP_057797979.1 Pfam PF16076 Acyltransf_C Family 239 312 4.6e-23 81.7 Acyltransferase C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941996.1
TTTGAAAACTACAGGAAACTTATGATATTTTCTTCTCTAAAAATACTGAATTCTCATAAATTTAGCAAATAACCACATTTGCATGTAAGCTCTGTAATGGCTATCGCCGCGGCAGTGATCCTCCCTTTAGGAGGTCTCCTCTTCATTTTGTCTGGCCTCATTGTTAACCTGCTTCAGGCAATTTTTTATGTCCTTGTTCGTCCACTCTCAAGAAATGCTTACAGAAGGATCAATAAGGAAATCATGGAACTACTATCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014075
ATGGCTATCGCCGCGGCAGTGATCCTCCCTTTAGGAGGTCTCCTCTTCATTTTGTCTGGCCTCATTGTTAACCTGCTTCAGGCAATTTTTTATGTCCTTGTTCGTCCACTCTCAAGAAATGCTTACAGAAGGATCAATAAGGAAATCATGGAACTACTATCACTGGAGCTCGTCTGGCTTTTCGACTGGTGGGCAAATAATAAGGTTGAGCTATTTGCTGATAAAGAAATCATTGAAATTATGGGAAAGGAGCGAGCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797979.1
MAIAAAVILPLGGLLFILSGLIVNLLQAIFYVLVRPLSRNAYRRINKEIMELLSLELVWLFDWWANNKVELFADKEIIEIMGKERALVICNHKSDIDWLVGWVLAQRAGCLGSCLAIIKKELLCLPVIGWSMWFSGYIFLQRSWVKDENTLKSGFEGLNDFPLPFWLALFVEGTRFTQAKLIAAQQYASSVGLPIPRNVLIPRTKGFVAAVTHLRSHVPAIYNITIAIPKTEPCPTLLRIFKGRSSTVHVHIERHLMQEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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