Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002092

染色体: Chr03 坐标: 32245226-32249298 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002092
名称SmilChr03G002092
描述uncharacterized SmilChr03G002092
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向32245226 - 32249298 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014080
GeneID131014080
locus_tag-
NCBI NameLOC131014080
原始查询SmilChr03G002092

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820354]; symbol=AT3G11810; hit=AT3G11810; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820354]; symbol=AT3G11810; hit=AT3G11810; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G11810 (AT3G11810)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820354]
identity=41.2; qcov=0.542; evalue=5.6e-27; confidence=medium
RiceOs12g0257500
-
identity=43.2; qcov=0.47; evalue=9.82e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014080

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057797985.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057797985.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797985.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797985.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797985.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:32246291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B37,C5,C80
Chr3:32246321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B15,B44
Chr3:32246339 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A7,B137,B23,B30,B45,B70,C16,C33,C37
Chr3:32246351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:32246371 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 45 A11,A21,A3,A9,B1,B100,B105,B109,B115,B121,B126,B127,B16,B22,B23,B25,B34,B4,B48,B50,B56,B58,B60,B63,B67,B7,B80,B96,B98,C1,C31,C34,C36,C51,C56,C62,C64,C66,C74,C77,C8,C80,C82,C87,D8
Chr3:32246376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr3:32246400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,C36,C51,C74
Chr3:32246433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B32,B87,C30,C57
Chr3:32246463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B6,B64,B81,C24
Chr3:32246514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B122,B123,D6
Chr3:32246538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,D2
Chr3:32246559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942004.1
TGAAACCGTTAAGACAAAGTGTTATGTATGCGATTATTTCATTTAATTTTTTATTTTCATAATTAATTTATTAATTAAATAATTTAAAAATATTGTAAAATTGTACTATCTCTCAAACTCGATTCTCCTCCCCAAATCTCTCTCTCTCTTCGCGATCTCTCCCTCTTTGAGAGATAGTCGCCACCGTGCCGAGGCAAGTTCCGGCGAATGGTAGCTATTCGCCCTCTTCCGGCGACATCGGTCGCCGCGACCTCGCCTCT...
XM_057942002.1
GAAACCGTTAAGACAAAGTGTTATGTATGCGATTATTTCATTTAATTTTTTATTTTCATAATTAATTTATTAATTAAATAATTTAAAAATATTGTAAAATTGTACTATCTCTCAAACTCGATTCTCCTCCCCAAATCTCTCTCTCTCTTCGCGATCTCTCCCTCTTTGAGAGATAGTCGCCACCGTGCCGAGGCAAGTTCCGGCGAATGGTAGCTATTCGCCCTCTTCCGGCGACATCGGTCGCCGCGACCTCGCCTCTC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131014080
ATGCTGACAGTCTTGCCTGAAATCATTGAAGATCAAAATGGTGATTTCCGTGTAACCTCTGCTCGACGTAAAGAGTATGGACAAGAGCTTCTTGCACAAACTCCTACGGTGCTGGAGTTTCTAATGCAGCAGATTGGTGAGGGTGTTGGGAACAACGTCCAACATCATGACAGGAACAGAAAGATATTACGTTGTTTGCTGAGCTGGACTTTGGATATTCTCCTGCAAATTCTTGTTGTCTTCCCAAAGGTAGAACCCCT...
LOC131014080
ATGCTGACAGTCTTGCCTGAAATCATTGAAGATCAAAATGGTGATTTCCGTGTAACCTCTGCTCGACGTAAAGAGTATGGACAAGAGCTTCTTGCACAAACTCCTACGGTGCTGGAGTTTCTAATGCAGCAGATTGGTGAGGGTGTTGGGAACAACGTCCAACATCATGACAGGAACAGAAAGATATTACGTTGTTTGCTGAGCTGGACTTTGGATATTCTCCTGCAAATTCTTGTTGTCTTCCCAAAGGTAGAACCCCT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057797985.1
MLTVLPEIIEDQNGDFRVTSARRKEYGQELLAQTPTVLEFLMQQIGEGVGNNVQHHDRNRKILRCLLSWTLDILLQILVVFPKVEPLRSKVTSFIHRMVDTLGPSIFPYLPNALGQLLIESEQHLQLNGLSACLIIGLVWFRYTSIVWKLYFRPSIWSYVFLSLIKYLLRGMRGVALCLILLFESLLGFLGLLCSTVVPTAGGLSSRDWISWAFVFQAVVYTGFMTILLLYSVAATAVLFMYCKALQGELAFEIAEEFAQ...
XP_057797986.1
MLTVLPEIIEDQNGDFRVTSARRKEYGQELLAQTPTVLEFLMQQIGEGVGNNVQHHDRNRKILRCLLSWTLDILLQILVVFPKVEPLRSKVTSFIHRMVDTLGPSIFPYLPNALGQLLIESEQHLQLNGLSACLIIGLVWFRYTSIVWKLYFRPSIWSYVFLSLIKYLLRGMRGVALCLILLFESLLGFLGLLCSTVVPTAGGLSSRDWISWAFVFQAVVYTGFMTILLLYSVAATAVLFMYCKALQGELAFEIAEEFAQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器