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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002105

染色体: Chr03 坐标: 32761755-32764157 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002105
名称SmilChr03G002105
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK4
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向32761755 - 32764157 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018668
GeneID131018668
locus_tag-
NCBI NameLOC131018668
原始查询SmilChr03G002105

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK4
产物G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK4
ArabidopsisAT5G24080 (AT5G24080)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832473]
identity=30.5; qcov=1.03; evalue=1.73e-104; confidence=low
RiceOs04g0202800 (OsRLCK136)
-
identity=45.4; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF01453 (B_lectin); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018668

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057803364.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803364.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803364.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803364.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803364.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:32761810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B33,C12,D6
Chr3:32761923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:32761950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr3:32761995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B33,C12,D6
Chr3:32762009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B117,B83,C27,D4
Chr3:32762013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr3:32762113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C1
Chr3:32762198 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B68,C62
Chr3:32762198 AC A 1bp_deletion CDS_variant 2 B68,C62
Chr3:32762329 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B108,C36
Chr3:32762329 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 2 B108,C36
Chr3:32762366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803364.1
800 aa
N
1
400
800
B_lectin
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF01453 B_lectin 77-165 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 511-780 aa PF00069 Pkinase 512-779 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803364.1 Pfam PF01453 B_lectin Repeat 77 165 2e-12 48.2 D-mannose binding lectin
XP_057803364.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 511 780 6.1e-44 151.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057803364.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 512 779 1.2e-45 156.7 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947381.1
ATGGCCGCTTTCCCTTCATCTATCATCCTACTATCTACAGCATTGCTACTTCTCTTTCCACATTTCACTTGTGCTCAAAATATAAACGTCGGAACCTCTCTCACAGCAACCTCAAACTCGAATCCATGGCGCTCCTCCAACGGAGATTTCGCATTCGGCTTTCAACAACTTCAAGGTAACTATAATCAATACGTGCTCTCCATATGGTTCGATAAGATCCCTCAAAAAACCATCGTCTGGTACGAAAGAAGCAGCTACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018668
ATGGCCGCTTTCCCTTCATCTATCATCCTACTATCTACAGCATTGCTACTTCTCTTTCCACATTTCACTTGTGCTCAAAATATAAACGTCGGAACCTCTCTCACAGCAACCTCAAACTCGAATCCATGGCGCTCCTCCAACGGAGATTTCGCATTCGGCTTTCAACAACTTCAAGGTAACTATAATCAATACGTGCTCTCCATATGGTTCGATAAGATCCCTCAAAAAACCATCGTCTGGTACGAAAGAAGCAGCTACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803364.1
MAAFPSSIILLSTALLLLFPHFTCAQNINVGTSLTATSNSNPWRSSNGDFAFGFQQLQGNYNQYVLSIWFDKIPQKTIVWYERSSYPVPRGSTLRLDAATGLILEDPQGRHLYNTTGGGPADEVGYASMNDTGNFVIRRRSDSSILWESFRNPTDTILPTQTIEIGDTLVSRKTEENFSMGRFYAAINNAGDLVFNTKSVPSNSEFDDEYYSSFTSSQQNASEAGFRVVFKSEALISILKRNGKEQILSPPSLPLPSENY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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