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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002116

染色体: Chr03 坐标: 32915966-32916445 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002116
名称SmilChr03G002116
描述uncharacterized SmilChr03G002116
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向32915966 - 32916445 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018671
GeneID131018671
locus_tag-
NCBI NameLOC131018671
原始查询SmilChr03G002116

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018671

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803368.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057803368.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803368.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803368.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803368.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:32915968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B15,B64,D5,D9
Chr3:32915996 AGG A 2bp_deletion frameshift_variant 45 A1,A10,A11,A3,A9,B101,B105,B108,B122,B123,B138,B19,B23,B26,B40,B44,B59,B69,B70,B75,B78,B80,B85,B9,B94,C17,C21,C30,C31,C37,C41,C44,C45,C46,C49,C53,C67,C72,C74,C8,C82,C84,C9,D6,D7
Chr3:32916000 G GAA 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 45 A1,A10,A11,A3,A9,B101,B105,B108,B122,B123,B138,B19,B23,B26,B40,B44,B59,B69,B70,B75,B78,B80,B85,B9,B94,C17,C21,C30,C31,C37,C41,C44,C45,C46,C49,C53,C67,C72,C74,C8,C82,C84,C9,D6,D7
Chr3:32916008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:32916011 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr3:32916022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B55,C1
Chr3:32916025 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B3,C41
Chr3:32916025 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B3,C41
Chr3:32916038 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,C5,C73,C82
Chr3:32916061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B21,B47,C56,C78
Chr3:32916072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C1
Chr3:32916085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B3,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947385.1
ATGTCACCATACAGATTGGTTTATGGCAAAAGGTGTCATTTGCCGGTAGAGCTGGAGCACAAGGCATTTTGGGCAGTTAATAAGGTGAACTATGACTGGAATGAGGCAGGCCAAGCAAGGAAACTTGAGATTCAAGAGTTGGAGGAAATCAGAAGAGAGACGTATGACAGTGCAGTTCTATACAAAGAAAGGATGAAGAAAAGTCATGACACCCTGATCAGGAACAAGCAGTTCAGCTATGGGCAAAAGGTCATTTTGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018671
ATGTCACCATACAGATTGGTTTATGGCAAAAGGTGTCATTTGCCGGTAGAGCTGGAGCACAAGGCATTTTGGGCAGTTAATAAGGTGAACTATGACTGGAATGAGGCAGGCCAAGCAAGGAAACTTGAGATTCAAGAGTTGGAGGAAATCAGAAGAGAGACGTATGACAGTGCAGTTCTATACAAAGAAAGGATGAAGAAAAGTCATGACACCCTGATCAGGAACAAGCAGTTCAGCTATGGGCAAAAGGTCATTTTGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803368.1
MSPYRLVYGKRCHLPVELEHKAFWAVNKVNYDWNEAGQARKLEIQELEEIRRETYDSAVLYKERMKKSHDTLIRNKQFSYGQKVILYKTRFKFASGKLSTKWIGPFEVQAQFPNGAVEVKKAKSGKVFKVNGQRLKAYYGHEPRIRDELDPSPDKNHSG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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