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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002130`

染色体: Chr03 坐标: 33144633-33146677 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002130`
名称	SmilChr03G002130
描述	uncharacterized SmilChr03G002130
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	33144633 - 33146677 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014071`
GeneID	`131014071`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014071`
原始查询	`SmilChr03G002130`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G21280` (AT1G21280) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724] identity=33.3; qcov=0.574; evalue=9.83e-39; confidence=low
Rice	`Os01g0909600` - identity=27.8; qcov=0.321; evalue=1.28e-07; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14244 (Retrotran_gag_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014071

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057797976.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057797976.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057797976.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797976.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797976.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:33145840`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr3:33145947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C14
`Chr3:33145947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr3:33145962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr3:33146041`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,C35,D2
`Chr3:33146046`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,C56,C84
`Chr3:33146383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,B76
`Chr3:33146395`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B138,B94
`Chr3:33146399`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797976.1

392 aa

196

392

Retrotran_gag_3

PF14244 Retrotran_gag_3 28-73 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797976.1`	Pfam	`PF14244`	Retrotran_gag_3	Domain	28	73	2.3e-17	63.2	Gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941993.1
AATGAAGAAATAAAGAGGATGTGGATACACATGCTCGTGTCGTATGCACACATAATAAGATAGCTTTTTCCTTTATTAATTAGTTTTACTTGCTTTTTGTTACTGAGCTGGCATCACACTTTGTGCGTGTGTTTGTTATCAGCTGTAGTATAAATATAGCTTCTTTGCCTTGTAATCATTTCATCCGAATATAATGCAAGTTTTTTCCCTTCTGCAAAATTCTCTTTTCTGTTATGGTATCCAGAGCAATAATCTTCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014071
ATGGCACCCCACACACCTTCATCATCCAAACTTCATTCTCCGCCTCCCTATGAGGACCAGACTAGCCCTTATTTTTTGCCTAGCAGTGATAATCCTGGCGTTCAGCTGGTTACGCAGCAGCTAAATGGATCCAACTACATCAACTGGAATCGCTCGATGATCACAGCACTTATGGCGAAGAACAAGCTCGCTTTTGTCGACGGTTCAATCCAGCGACCTCTTCATTCCGATCTGCTGTATGCTCAGTGGCTTCGATGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797976.1
MAPHTPSSSKLHSPPPYEDQTSPYFLPSSDNPGVQLVTQQLNGSNYINWNRSMITALMAKNKLAFVDGSIQRPLHSDLLYAQWLRCNSMVVSWLRNSVVPEISSSIMYIDDASLIWSDLRDRFSQGNFARICQLKQQLLTLKQGSEDVGAYFTKLRILWDEYKDFQPARWCTCDSCRCHSSRKWSEFQMQECSMQFLIGLNPSYSQIRSQIISTTPLPSLQKIFALVLQEERQRSIEQQSPVISTEIQGSMINATGTARG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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