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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002134`

染色体: Chr03 坐标: 33219524-33229297 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002134`
名称	SmilChr03G002134
描述	E3 ubiquitin-protein ligase makorin-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	33219524 - 33229297 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014076`
GeneID	`131014076`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014076`
原始查询	`SmilChr03G002134`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase makorin-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase makorin-like
Arabidopsis	`AT3G08505` (AT3G08505) zinc finger (CCCH-type/C3HC4-type RING finger) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819998] identity=59.7; qcov=0.997; evalue=6.05e-155; confidence=high
Rice	`Os06g0318700` (OsC3H41) - identity=61.5; qcov=1.03; evalue=4.43e-166; confidence=high
GO	GO:0000209 (protein polyubiquitination); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF00642 (zf-CCCH); PF14608 (zf-CCCH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014076

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057797980.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057797980.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057797980.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797980.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797980.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:33226239`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:33226455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B73,C20,C9
`Chr3:33226584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B25,B88
`Chr3:33226663`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B67,B97,C46,C53,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797980.1

356 aa

178

356

zf-CCCH_2

zf-CCCH

zf-CCCH_2

zf-C3HC4

zf-CCCH_2

PF14608 zf-CCCH_2 6-25 aa PF00642 zf-CCCH 34-53 aa PF14608 zf-CCCH_2 34-53 aa PF14608 zf-CCCH_2 139-159 aa PF00097 zf-C3HC4 203-260 aa PF14608 zf-CCCH_2 295-317 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797980.1`	Pfam	`PF14608`	zf-CCCH_2	Domain	6	25	2.7e-10	41.0	RNA-binding, Nab2-type zinc finger
`XP_057797980.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	34	53	3e-13	50.0	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057797980.1`	Pfam	`PF14608`	zf-CCCH_2	Domain	34	53	2.7e-10	41.0	RNA-binding, Nab2-type zinc finger
`XP_057797980.1`	Pfam	`PF14608`	zf-CCCH_2	Domain	139	159	2.7e-10	41.0	RNA-binding, Nab2-type zinc finger
`XP_057797980.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	203	260	2.6e-06	27.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057797980.1`	Pfam	`PF14608`	zf-CCCH_2	Domain	295	317	2.7e-10	41.0	RNA-binding, Nab2-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009098008.1
ATTTATCATTTTCGAAATAAAAAATGTTATGGGGCGTTCACGCGATAAACTGGAAACTGGAGGACCATAGCGGCAACCATTTCACCCAACATCCCAACCGCCAAAATCCCTAAATTCACTCCGGAATGCCCGTATTTTTCTTAATCGAGTAAAAGCTCTCATCGTTATTATCGAAAAATTTCGTAGATTTCTCAGGGATTTGCAGCAACAACATGTCTAAACGGGTTCTCTGCAAATTCTTTGCTCATGGTGCATGTCTA...

XR_009098009.1
GCGTTCACGCGATAAACTGGAAACTGGAGGACCATAGCGGCAACCATTTCACCCAACATCCCAACCGCCAAAATCCCTAAATTCACTCCGGAATGCCCGTATTTTTCTTAATCGAGTAAAAGCTCTCATCGTTATTATCGAAAAATTTCGTAGATTTCTCAGGGATTTGCAGCAACAACATGTCTAAACGGGTTCTCTGCAAATTCTTTGCTCATGGTGCATGTCTAAAAGGAGAACACTGTGAGTATTCACATGACTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014076
ATGTCTAAACGGGTTCTCTGCAAATTCTTTGCTCATGGTGCATGTCTAAAAGGAGAACACTGTGAGTATTCACATGACTGGAAGGCCCCACCAAATAATATATGTACGTTCTACCAGAAAGGAGTTTGCGCTTATGGCACTCGATGTAGATATGATCATATCAAAGTTTCTCGGTTACAGTCACCAGCTTTATCTTCATCAGCAAATCTTTCTTCCACCAAGGAGCTTTCTACTGGAGCTGCAACATTAGGCTCCAGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797980.1
MSKRVLCKFFAHGACLKGEHCEYSHDWKAPPNNICTFYQKGVCAYGTRCRYDHIKVSRLQSPALSSSANLSSTKELSTGAATLGSSAAAGVSVEHSASNLPVHPPSTPAWGENSGNCDTIQGDDDLADFRDVDPADQPICSFAAAGECPHGMSCPRVHGDLCPTCRKHCLHPFRPQEREEHMNTCEKRQKHLEALAHSQEIECSVCLEKILSKPTAAERKFGILSECDHPFCISCIRNWRSTSRASGMDANSALRSCPIC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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