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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002144

染色体: Chr03 坐标: 33383086-33385269 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002144
名称SmilChr03G002144
描述golgin candidate 1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向33383086 - 33385269 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016387
GeneID131016387
locus_tag-
NCBI NameLOC131016387
原始查询SmilChr03G002144

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述golgin candidate 1-like
产物golgin candidate 1-like
ArabidopsisAT2G19950 (GC1)
golgin Putative 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816514]
identity=75.3; qcov=0.823; evalue=1.44e-45; confidence=medium
RiceOs01g0744400
-
identity=72.2; qcov=0.858; evalue=1.42e-45; confidence=medium
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0000301 (retrograde transport, vesicle recycling within Golgi); GO:0007030 (Golgi organization); GO:0031985 (Golgi cisterna)
KEGG-
PfamPF09787 (Golgin_A5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016387

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057801065.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057801065.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057801069.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057801067.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057801070.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:33383504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,D5
Chr3:33384097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B125,B99,C10,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801065.1
123 aa
N
1
62
123
Golgin_A5
C
PF09787 Golgin_A5 35-90 aa
XP_057801066.1
121 aa
N
1
60
121
Golgin_A5
C
PF09787 Golgin_A5 35-88 aa
XP_057801067.1
121 aa
N
1
60
121
Golgin_A5
C
PF09787 Golgin_A5 22-88 aa
XP_057801068.1
119 aa
N
1
60
119
Golgin_A5
C
PF09787 Golgin_A5 32-86 aa
XP_057801069.1
117 aa
N
1
58
117
Golgin_A5
C
PF09787 Golgin_A5 35-90 aa
XP_057801070.1
115 aa
N
1
58
115
Golgin_A5
C
PF09787 Golgin_A5 35-88 aa
XP_057801072.1
115 aa
N
1
58
115
Golgin_A5
C
PF09787 Golgin_A5 21-88 aa
XP_057801073.1
113 aa
N
1
56
113
Golgin_A5
C
PF09787 Golgin_A5 32-86 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801065.1 Pfam PF09787 Golgin_A5 Coiled-coil 35 90 7.9e-08 32.9 Golgin subfamily A member 5
XP_057801066.1 Pfam PF09787 Golgin_A5 Coiled-coil 35 88 8.8e-08 32.7 Golgin subfamily A member 5
XP_057801067.1 Pfam PF09787 Golgin_A5 Coiled-coil 22 88 2e-08 34.9 Golgin subfamily A member 5
XP_057801068.1 Pfam PF09787 Golgin_A5 Coiled-coil 32 86 2.3e-08 34.7 Golgin subfamily A member 5
XP_057801069.1 Pfam PF09787 Golgin_A5 Coiled-coil 35 90 5.7e-08 33.4 Golgin subfamily A member 5
XP_057801070.1 Pfam PF09787 Golgin_A5 Coiled-coil 35 88 6.4e-08 33.2 Golgin subfamily A member 5
XP_057801072.1 Pfam PF09787 Golgin_A5 Coiled-coil 21 88 1.4e-08 35.3 Golgin subfamily A member 5
XP_057801073.1 Pfam PF09787 Golgin_A5 Coiled-coil 32 86 1.7e-08 35.1 Golgin subfamily A member 5

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945085.1
CATATAGCAAAATTAAAATTTAGCCTATAGGATAAAAACATAAAATTTTATCCAGTTTTTGCGTGAAAAGACTAAAATGCCCCTCCTTAAATATTTGCAATTTCTCGCTTTCTCTCTGTAACTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTATCGCTCTCTCTCTCCCCCTCTCTCTTTCCCACACCAAATTCAACTCAAACACGGTTGATCTGAGGGAGCTGGCGGCGGCGAGGTATGGACGGCGCGATCTGAAGAATTCAGGCGGCA...
XM_057945084.1
ATTTAGCCTATAGGATAAAAACATAAAATTTTATCCAGTTTTTGCGTGAAAAGACTAAAATGCCCCTCCTTAAATATTTGCAATTTCTCGCTTTCTCTCTGTAACTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTATCGCTCTCTCTCTCCCCCTCTCTCTTTCCCACACCAAATTCAACTCAAACACGGTTGATCTGAGGGAGCTGGCGGCGGCGAGGTATGGACGGCGCGATCTGAAGAATTCAGGCGGCAGCGCTACTTCAGGAGCT...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131016387
ATGAGCAAGTTAGAAGCTGAAAGGAATAGAGTTTCTCGCCGTGCATCATCCTCATGGGAAGAGGATGCTGACATGAAAACACTCGAACCTCTGCCCTTGCATCATCGCCAAATGGCTGGAGCAAGCTTACAGTTACAGAGGGCAGCAAAACTATTAGACACTGGGGCTGCTAGGGCAACAAGATTCTTGTGGCGGTATCCGACAGCCCGCATCATCCTGCTGTTCTATCTGGTTTTTGTGCATCTCGTTTTGATGTACCT...
LOC131016387
ATGAGCAAGTTAGAAGCTGAAAGGAATAGAGTTTCTCGCCGTGCATCATCCTCATGGGAAGAGGATGCTGACATGAAAACACTCGAACCTCTGCCCTTGCATCATCGCCAAATGGCTGGAGCAAGCTTACAGTTGCAGTTACAGAGGGCAGCAAAACTATTAGACACTGGGGCTGCTAGGGCAACAAGATTCTTGTGGCGGTATCCGACAGCCCGCATCATCCTGCTGTTCTATCTGGTTTTTGTGCATCTCGTTTTGAT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057801065.1
MSKLEAERNRVSRRASSSWEEDADMKTLEPLPLHHRQMAGASLQLQLQRAAKLLDTGAARATRFLWRYPTARIILLFYLVFVHLVLMYLLHRLQVCTSGYLLDHYTKNTLISLYYYFTLNNKQ
XP_057801066.1
MLEAERNRVSRRASSSWEEDADMKTLEPLPLHHRQMAGASLQLQLQRAAKLLDTGAARATRFLWRYPTARIILLFYLVFVHLVLMYLLHRLQVCTSGYLLDHYTKNTLISLYYYFTLNNKQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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