Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002165

染色体: Chr03 坐标: 33688071-33692143 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002165
名称SmilChr03G002165
描述KH domain-containing protein At3g08620-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向33688071 - 33692143 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016398
GeneID131016398
locus_tag-
NCBI NameLOC131016398
原始查询SmilChr03G002165

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述KH domain-containing protein At3g08620-like
产物KH domain-containing protein At3g08620-like
ArabidopsisAT2G38610 (AT2G38610)
RNA-binding KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818443]
identity=80.4; qcov=1.01; evalue=1.02e-165; confidence=high
RiceOs03g0815700 (SPIN1)
-
identity=72.1; qcov=1; evalue=8.94e-141; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0048024 (regulation of mRNA splicing, via spliceosome)
KEGG-
PfamPF16544 (STAR_dimer); PF22675 (KH-I_KHDC4-BBP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016398

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801079.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801079.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057801079.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057801079.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057801079.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:33688425 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,B97
Chr3:33688524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr3:33688822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B34
Chr3:33689200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr3:33689404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C39,C52
Chr3:33689406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,B83
Chr3:33689462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B77,D7
Chr3:33691244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:33691249 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B91,B95,B98,C50
Chr3:33691323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B91,B94,B95,B98,C50
Chr3:33691918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801079.1
284 aa
N
1
142
284
STAR_dimer
KH-I_KHDC4-BBP
C
PF16544 STAR_dimer 29-74 aa PF22675 KH-I_KHDC4-BBP 147-235 aa
XP_057801080.1
282 aa
N
1
141
282
STAR_dimer
KH-I_KHDC4-BBP
C
PF16544 STAR_dimer 29-74 aa PF22675 KH-I_KHDC4-BBP 147-233 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801079.1 Pfam PF16544 STAR_dimer Domain 29 74 1.1e-12 48.0 Homodimerisation region of STAR domain protein
XP_057801079.1 Pfam PF22675 KH-I_KHDC4-BBP Domain 147 235 3.9e-21 75.4 KHDC4/BBP-like, KH-domain type I
XP_057801080.1 Pfam PF16544 STAR_dimer Domain 29 74 1.1e-12 48.0 Homodimerisation region of STAR domain protein
XP_057801080.1 Pfam PF22675 KH-I_KHDC4-BBP Domain 147 233 1.7e-21 76.6 KHDC4/BBP-like, KH-domain type I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945097.1
ATTGGGAAAAGGCCCAAATGAAGCCCATGTTAATGAGAAGAGGATAAAAATAGGTAGTTGAGCTGGAAATGAGGGCATCCGATGAATTCAGTCCTGTGTCATTCTATCTACCGTCTTCTTACAAGCTTGCTTGCTGCTAGTCTGCTTTTGTATCGATTTTGATCCAAATCCTTGCGAGCTGTGGGACTGATTTGTCTATGTCGGGTCTTTACAATTCCAACTTTTCGCCTGCTCGGGCTGCCTCTCCGCAGATTACTGCA...
XM_057945096.1
ATTGGGAAAAGGCCCAAATGAAGCCCATGTTAATGAGAAGAGGATAAAAATAGGTAGTTGAGCTGGAAATGAGGGCATCCGATGAATTCAGTCCTGTGTCATTCTATCTACCGTCTTCTTACAAGCTTGCTTGCTGCTAGTCTGCTTTTGTATCGATTTTGATCCAAATCCTTGCGAGCTGTGGGACTGATTTGTCTATGTCGGGTCTTTACAATTCCAACTTTTCGCCTGCTCGGGCTGCCTCTCCGCAGATTACTGCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016398
ATGTCGGGTCTTTACAATTCCAACTTTTCGCCTGCTCGGGCTGCCTCTCCGCAGATTACTGCAACTAACCCTGATGTAGATAGTAATCCCTACTTGTCGGAGCTCTTGGCGGAGCATCAGAAGCTTGGTCCATTTATGCAAGTTCTTCCTATTTCTACGAGACTCTTGAATCAAGAGATCTTGCGGGTTACTGGGATGTTGCCGAATCACAGCTTCAGTGAACTTGAGAGACTAAGACACAGAAGTCCTAGCCCTATGGC...
LOC131016398
ATGTCGGGTCTTTACAATTCCAACTTTTCGCCTGCTCGGGCTGCCTCTCCGCAGATTACTGCAACTAACCCTGATGTAGATAGTAATCCCTACTTGTCGGAGCTCTTGGCGGAGCATCAGAAGCTTGGTCCATTTATGCAAGTTCTTCCTATTTCTACGAGACTCTTGAATCAAGAGATCTTGCGGGTTACTGGGATGTTGCCGAATCACAGCTTCAGTGAACTTGAGAGACTAAGACACAGAAGTCCTAGCCCTATGGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801079.1
MSGLYNSNFSPARAASPQITATNPDVDSNPYLSELLAEHQKLGPFMQVLPISTRLLNQEILRVTGMLPNHSFSELERLRHRSPSPMASANSLSNVAGTGLASWNGLPQERLGGPHGMTMDWQGAPASPSSYTVKRILRLEIPVDSFPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEATTGCRVYIRGKGSIKDPDKLQEEKLRGRPGYEHLNEPLHILIEADLPANVVDMRLRQAQDIIEELLKPVDESQDFIKRQQLRELAMLNSNFR...
XP_057801080.1
MSGLYNSNFSPARAASPQITATNPDVDSNPYLSELLAEHQKLGPFMQVLPISTRLLNQEILRVTGMLPNHSFSELERLRHRSPSPMASANSLSNVAGTGLASWNGLPQERLGGPHGMTMDWQGAPASPSSYTVKRILRLEIPVDSFPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEATTGCRVYIRGKGSIKDPDKEEKLRGRPGYEHLNEPLHILIEADLPANVVDMRLRQAQDIIEELLKPVDESQDFIKRQQLRELAMLNSNFREE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器