Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002168`

染色体: Chr03 坐标: 33722564-33723412 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002168`
名称	SmilChr03G002168
描述	uncharacterized SmilChr03G002168
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	33722564 - 33723412 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018683`
GeneID	`131018683`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018683`
原始查询	`SmilChr03G002168`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0118600; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os11g0118600; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G08600` (AT3G08600) transmembrane protein, putative (DUF1191) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820007] identity=43.6; qcov=0.993; evalue=2.59e-54; confidence=medium
Rice	`Os11g0118600` - identity=42.7; qcov=1.01; evalue=3.8e-69; confidence=medium
GO	GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF06697 (DUF1191)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018683

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057803380.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.20000	`XP_057803380.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057803380.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057803380.1`
5	Endosome	内体	0.20000	`XP_057803380.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:33722719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B63,B83
`Chr3:33722734`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B72,B77,C51
`Chr3:33723090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A2
`Chr3:33723090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr3:33723248`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B113,B127,B138,B37,B95
`Chr3:33723248`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B113,B127,B138,B37,B95
`Chr3:33723277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803380.1

282 aa

141

282

DUF1191

PF06697 DUF1191 26-197 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803380.1`	Pfam	`PF06697`	DUF1191	Family	26	197	5.8e-57	193.1	Protein of unknown function (DUF1191)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947397.1
ATGTATAATGTTTTGGTGGTGTCACTGTCAACGTTGGTGGTGCTGTGCAGCGTGAGTGCGAGCGGCAATCAATTAAGTAGCAGGGAATTGGACAGTCTCCTCCATGAGCATGCTTTCGAGGCATTTGTGGGGCGGCCGAAGACGGGAGTGGCTTACGATGCTAACCTCACCGGAATCCGAGTGTCGGCGATGAGGCTGAAGAGCGGCAGCTTAATGAGGAGAGGAGTGAGCATGTACCACGAGTTCCATATTCCCAAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018683
ATGTATAATGTTTTGGTGGTGTCACTGTCAACGTTGGTGGTGCTGTGCAGCGTGAGTGCGAGCGGCAATCAATTAAGTAGCAGGGAATTGGACAGTCTCCTCCATGAGCATGCTTTCGAGGCATTTGTGGGGCGGCCGAAGACGGGAGTGGCTTACGATGCTAACCTCACCGGAATCCGAGTGTCGGCGATGAGGCTGAAGAGCGGCAGCTTAATGAGGAGAGGAGTGAGCATGTACCACGAGTTCCATATTCCCAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803380.1
MYNVLVVSLSTLVVLCSVSASGNQLSSRELDSLLHEHAFEAFVGRPKTGVAYDANLTGIRVSAMRLKSGSLMRRGVSMYHEFHIPKGVVTHPYVHRLALLYHSLPFNWSLAYYPLHGYTYLAPVLGLLAYDANSTATRLCIRASAQPISIHFSHLLLPSVLPKCVFFDVNGSVSLSNMSSGNICTTFSQGHFSVVMEETRGNTSSESEEVWKIVCGVLALVVVMGLVGVLVGAKRKQRKRMRQMEMVAESSEALNMTAIG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器