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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002180

染色体: Chr03 坐标: 33889388-33890394 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002180
名称SmilChr03G002180
描述high mobility group B protein 6-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向33889388 - 33890394 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016413
GeneID131016413
locus_tag-
NCBI NameLOC131016413
原始查询SmilChr03G002180

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述high mobility group B protein 6-like
产物high mobility group B protein 6-like
ArabidopsisAT5G01910 (AT5G01910)
myelin transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831775]
identity=42.9; qcov=0.923; evalue=7.38e-29; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016413

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801094.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057801094.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.40000 XP_057801094.1
4 Spindle Spindle 0.40000 XP_057801094.1
5 Centromere 着丝粒 0.20000 XP_057801094.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:33889625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B112,B82
Chr3:33889665 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 3 B59,B9,B98
Chr3:33889665 TGC T 2bp_deletion CDS_variant 3 B59,B9,B98
Chr3:33889778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr3:33889785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr3:33889806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C62
Chr3:33889828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B24,D9
Chr3:33889836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C58
Chr3:33889837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C58
Chr3:33889935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:33889953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:33889962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B87,C60,C82,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945111.1
GCTGCCGGTCAGACTTTTTCTTTCAAATTCAAATCTATTCTTCTTCTTCTTCTTTCTCCAAATCCAACCTCAACTCTCTCTCTCTTTCTCACACACACACCCACAGACGCACACGCACACACTTTTTAACTTGTTTTTCCCAAAGAGAAAAATAAATGCTGGCAGTTCAATCTCCAATCTCCGGGCATCAGCGGCCGAGAAGCGGCCGCAAACCGCTCCAGCCGAAGAACTCGTGGTCGAATCCTTTGGACACGAAGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016413
ATGCTGGCAGTTCAATCTCCAATCTCCGGGCATCAGCGGCCGAGAAGCGGCCGCAAACCGCTCCAGCCGAAGAACTCGTGGTCGAATCCTTTGGACACGAAGCCAAATATAAAAGCTGCAGCTGCAGTTTGTTTCGAGGTAGATGAGAATAACAAGGAGAATATTTTCTCCACCCCTGTAAAAAAAGAGTGTTTTGAGATCGAGTTGTTGGATGCATCTCTGGCGGAGGAGCTGAGCGCCATCCGCGAGAGGCTCGAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801094.1
MLAVQSPISGHQRPRSGRKPLQPKNSWSNPLDTKPNIKAAAAVCFEVDENNKENIFSTPVKKECFEIELLDASLAEELSAIRERLERLRIDKERTDEMLRERSLFLDSQMKEIVDRGMLQKQLEIEVDRLFRLREIKLSCTKSVSPLRSLREKEHAKKMHQLEANGNREEKLTPNSQVKTEN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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