Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002205

染色体: Chr03 坐标: 34757379-34761774 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002205
名称SmilChr03G002205
描述F-box/LRR-repeat protein 3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向34757379 - 34761774 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016431
GeneID131016431
locus_tag-
NCBI NameLOC131016431
原始查询SmilChr03G002205

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/LRR-repeat protein 3-like
产物F-box/LRR-repeat protein 3-like
ArabidopsisAT5G01720 (AT5G01720)
RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831688]
identity=62.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0108500 (OsFbox636)
-
identity=53.7; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG-
PfamPF13516 (LRR_6); PF18511 (F-box_5); PF25372 (LRR_FBXL15)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016431

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057801108.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057801108.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801108.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801108.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801108.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:34757851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr3:34757898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:34757937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B24,D9
Chr3:34758054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C33
Chr3:34758153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:34758234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B9,C58,C85,D1
Chr3:34759391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C12,D6
Chr3:34759760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B40,B49
Chr3:34760244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B37,B55,C27
Chr3:34760415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B129,B132,B2,C12
Chr3:34760911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:34761078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801108.1
664 aa
N
1
332
664
F-box_5
LRR_FBXL15
LRR_6
LRR_FBXL15
LRR_FBXL15
LRR_6
LRR_6
LRR_FBXL15
LRR_6
C
PF18511 F-box_5 19-55 aa PF25372 LRR_FBXL15 85-284 aa PF13516 LRR_6 252-274 aa PF25372 LRR_FBXL15 298-399 aa PF25372 LRR_FBXL15 342-476 aa PF13516 LRR_6 406-428 aa PF13516 LRR_6 456-479 aa PF25372 LRR_FBXL15 518-614 aa PF13516 LRR_6 536-556 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801108.1 Pfam PF18511 F-box_5 Domain 19 55 4.3e-08 33.3 F-box
XP_057801108.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 85 284 3.1e-37 128.9 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057801108.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 252 274 2.2e-24 84.2 Leucine Rich repeat
XP_057801108.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 298 399 3.1e-37 128.9 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057801108.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 342 476 3.1e-37 128.9 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057801108.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 406 428 2.2e-24 84.2 Leucine Rich repeat
XP_057801108.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 456 479 2.2e-24 84.2 Leucine Rich repeat
XP_057801108.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 518 614 3.1e-37 128.9 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057801108.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 536 556 2.2e-24 84.2 Leucine Rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098995.1
GTTCGCCAAGAAAAACAAAAAGAAATATGCCAATCCCAAAAGGGACAGCAATTGTAATTTTGCAATTCCCCCATATCCTGCTTCCTCAATCCATACCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTCAACTGATCAAACTCCACCTAGTGTCTTTCCGTTAACGGTTGCTTCTAACTCTTGCAACGTCCACATTTATATCAAAACTACAATTCCTTCCTCCATTTTAAATACGCCTATTTTTAGCATCATTGCACCCATTCTTCCAC...
XM_057945125.1
GTTCGCCAAGAAAAACAAAAAGAAATATGCCAATCCCAAAAGGGACAGCAATTGTAATTTTGCAATTCCCCCATATCCTGCTTCCTCAATCCATACCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTCAACTGATCAAACTCCACCTAGTGTCTTTCCGTTAACGGTTGCTTCTAACTCTTGCAACGTCCACATTTATATCAAAACTACAATTCCTTCCTCCATTTTAAATACGCCTATTTTTAGCATCATTGCACCCATTCTTCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016431
ATGAAGAAGCTGAAATCGATCCCTGATCCCAGCTTCAGCCGTTTCGATCTTCTGTCTGAAGAGATAGTATTCACGCTCCTTGATTTCCTCGACAACCCTGTTGATAGGAAGTCGTTTTCTCTTGTTTGCCGGTCGTTTTACGACATTGAGTCCCGCCATAGGAAGCTCTTGAAACCCCTTCGTTCGGAGCTGTTAATGAAAGTTTTGCTGAGATACCCTCATGTTTCAAATCTTGATCTTTCGCTCTGTCCTAGAGTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801108.1
MKKLKSIPDPSFSRFDLLSEEIVFTLLDFLDNPVDRKSFSLVCRSFYDIESRHRKLLKPLRSELLMKVLLRYPHVSNLDLSLCPRVTDATLNVVSSYCKGLLRSINLSRSKFFGHVGLSNLVLNCANLVEIDLSNATELKDLAAASIAEAKNLEKLWLVRCKSITDIGIGCIVVGCRKLKLLSLKWCLGVGDLGVGLIAVKCQDIRSLDLSFLPITNKCLSQILELKHLEDLVLEGCFGIDDDSLAALNQGCKSLETLDM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器