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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002217

染色体: Chr03 坐标: 34932898-34933236 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002217
名称SmilChr03G002217
描述uncharacterized SmilChr03G002217
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向34932898 - 34933236 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018704
GeneID131018704
locus_tag-
NCBI NameLOC131018704
原始查询SmilChr03G002217

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF31073 (DUF8803)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018704

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803399.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803399.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803399.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803399.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803399.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:34932906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B52,C78
Chr3:34932921 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C15
Chr3:34932921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr3:34932928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B106,B136,B91
Chr3:34932937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,C16,C45
Chr3:34932975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B76,C21,D4
Chr3:34932979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B23,B60,C46,C74
Chr3:34932990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B22,D1
Chr3:34932992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B44,B56,C7
Chr3:34933041 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr3:34933169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr3:34933173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C47,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803399.1
112 aa
N
1
56
112
DUF8803
C
PF31073 DUF8803 36-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803399.1 Pfam PF31073 DUF8803 Domain 36 96 1.2e-08 35.3 Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947416.1
ATGTTGACGGAGTTGGATGAGTGGAGGAATGAAGCTTACGAGAGTTCTCGTATCTACAAGGAAAGGGCGAAGAAGTTCCATGATTTGAGCATCCGCACAAAGGAATTCAAGCCGGGACATGAGGTACTCTTGTATGATTCTAAGCTTAGACTATTTCCTGGCAAGCTGCAGTCAAGATGGAGAGGTCCTTACGTGGTTCACAAGAGCAGATGGAATGGGACATATGAGTTGCTTGCGTCGAATGGGTCTACTTTCACTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018704
ATGTTGACGGAGTTGGATGAGTGGAGGAATGAAGCTTACGAGAGTTCTCGTATCTACAAGGAAAGGGCGAAGAAGTTCCATGATTTGAGCATCCGCACAAAGGAATTCAAGCCGGGACATGAGGTACTCTTGTATGATTCTAAGCTTAGACTATTTCCTGGCAAGCTGCAGTCAAGATGGAGAGGTCCTTACGTGGTTCACAAGAGCAGATGGAATGGGACATATGAGTTGCTTGCGTCGAATGGGTCTACTTTCACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803399.1
MLTELDEWRNEAYESSRIYKERAKKFHDLSIRTKEFKPGHEVLLYDSKLRLFPGKLQSRWRGPYVVHKSRWNGTYELLASNGSTFTVNGHRLKPYFKEELDRDVEVVNFVDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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