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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002245

染色体: Chr03 坐标: 35399236-35401791 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002245
名称SmilChr03G002245
描述gamma-interferon-responsive lysosomal thiol protein
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向35399236 - 35401791 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016465
GeneID131016465
locus_tag-
NCBI NameLOC131016465
原始查询SmilChr03G002245

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gamma-interferon-responsive lysosomal thiol protein
产物gamma-interferon-responsive lysosomal thiol protein
ArabidopsisAT1G07080 (AT1G07080)
Thioredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837219]
identity=54.1; qcov=0.978; evalue=1.4e-74; confidence=high
RiceOs01g0828200
-
identity=49.2; qcov=0.968; evalue=1.41e-65; confidence=high
GOGO:0016671 (oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor)
KEGG-
PfamPF03227 (GILT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016465

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057801142.1
2 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057801147.1
3 Lysosome 溶酶体 0.20000 XP_057801147.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801149.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801149.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:35400163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B42,B43,D2
Chr3:35400355 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C61
Chr3:35400355 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801142.1
223 aa
N
1
112
223
GILT
C
PF03227 GILT 39-141 aa
XP_057801143.1
216 aa
N
1
108
216
GILT
C
PF03227 GILT 39-141 aa
XP_057801144.1
216 aa
N
1
108
216
GILT
C
PF03227 GILT 39-141 aa
XP_057801145.1
213 aa
N
1
106
213
GILT
C
PF03227 GILT 29-131 aa
XP_057801146.1
213 aa
N
1
106
213
GILT
C
PF03227 GILT 29-131 aa
XP_057801147.1
206 aa
N
1
103
206
GILT
C
PF03227 GILT 29-131 aa
XP_057801148.1
192 aa
N
1
96
192
GILT
C
PF03227 GILT 8-110 aa
XP_057801149.1
185 aa
N
1
92
185
GILT
C
PF03227 GILT 8-110 aa
XP_057801150.1
185 aa
N
1
92
185
GILT
C
PF03227 GILT 8-110 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801142.1 Pfam PF03227 GILT Family 39 141 3.4e-30 105.2 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)
XP_057801143.1 Pfam PF03227 GILT Family 39 141 3.2e-30 105.3 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)
XP_057801144.1 Pfam PF03227 GILT Family 39 141 3.2e-30 105.3 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)
XP_057801145.1 Pfam PF03227 GILT Family 29 131 3.1e-30 105.4 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)
XP_057801146.1 Pfam PF03227 GILT Family 29 131 3.1e-30 105.4 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)
XP_057801147.1 Pfam PF03227 GILT Family 29 131 2.9e-30 105.5 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)
XP_057801148.1 Pfam PF03227 GILT Family 8 110 2.5e-30 105.7 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)
XP_057801149.1 Pfam PF03227 GILT Family 8 110 2.3e-30 105.8 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)
XP_057801150.1 Pfam PF03227 GILT Family 8 110 2.3e-30 105.8 Gamma interferon inducible lysosomal thiol reductase (GILT)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945167.1
ACCCAATCCTGCAGATAAATTATCATCCATAAAAACATCTATGTTAATAATTATGCAGGATAATAAATAAACTATATAATTATGATCCAAAATAAAATACTTAAAATAAAATCTTTGTTGGAAGCGTGTTTTTACTGCTAATGATCTGCTCTTGAGTTCTTAGATATGTAGAACTGTATTTGTAGGTTCAAATTCTCGAATTCTAAGGCCGACTCTTGGTAGTGGAAAGGTTCGAAGATGGACTCTTCTCAACTTGTTCT...
XM_057945165.1
GGATAATAAATAAACTATATAATTATGATCCAAAATAAAATACTTAAAATAAAATCTTTGTTGGAAGCGTGTTTTTACTGCTAATGATCTGCTCTTGAGTTCTTAGATATGTAGAACTGTATTTGTAGGTTCAAATTCTCGAATTCTAAGGCCGACTCTTGGTAGTGGAAAGGTTCGAAGATGGACTCTTCTCAACTTGTTCTATGTACGATTCTCTGATTTCAGGTGCCTCAGTCAAAGCTTTAAACTCATTACTTCTA...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131016465
ATGACTTTGGAAAACAAAGTGAATCTGTCTGTGTACTACGAATCTCTGTGCCCTTATTGTGCCAACTTCATGGTTAATCATCTCCTCAAGATTTTTCAGACAGATCTCATCAACATCGTCAATCTCAGACTCATCCCATGGGGCAACACTCAGATTCAACCCAATGATACTTGGATTTGCCAGCATGGTGTTGACGAATGTCGGCTGGATGTCATAGAAGCTTGCGCCATTGATTCCTGGCCTAGAGTGGAGACACATTT...
LOC131016465
ATGACTTTGGAAAACAAAGTGAATCTGTCTGTGTACTACGAATCTCTGTGCCCTTATTGTGCCAACTTCATGGTTAATCATCTCCTCAAGATTTTTCAGACAGATCTCATCAACATCGTCAATCTCAGACTCATCCCATGGGGCAACACTCAGATTCAACCCAATGATACTTGGATTTGCCAGCATGGTGTTGACGAATGTCGGCTGGATGTCATAGAAGCTTGCGCCATTGATTCCTGGCCTAGAGTGGAGACACATTT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057801142.1
MASQKLLVLTFLVALSCLADSMQMQPLDSEVSSAENKVNLSVYYESLCPYCANFMVNHLLKIFQTDLINIVNLRLIPWGNTQIQPNDTWICQHGVDECRLDVIEACAIDSWPRVETHFKFIYCVERLHLMDRHSEWRSCYAANNLDQTPLNNCYNNGLGFQLEKAYADETAKLNPRHRFVPWVVVNNIPLQEVSLSLSLSIHTYMYKNELYLCFHGCRIFRTS
XP_057801143.1
MASQKLLVLTFLVALSCLADSMQMQPLDSEVSSAENKVNLSVYYESLCPYCANFMVNHLLKIFQTDLINIVNLRLIPWGNTQIQPNDTWICQHGVDECRLDVIEACAIDSWPRVETHFKFIYCVERLHLMDRHSEWRSCYAANNLDQTPLNNCYNNGLGFQLEKAYADETAKLNPRHRFVPWVVVNNIPLQEDFQNFIGYVCRAYRGNKMPKACAR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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