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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002248

染色体: Chr03 坐标: 35410575-35412657 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002248
名称SmilChr03G002248
描述uncharacterized SmilChr03G002248
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向35410575 - 35412657 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016471
GeneID131016471
locus_tag-
NCBI NameLOC131016471
原始查询SmilChr03G002248

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016471

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801156.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801156.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801156.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801156.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057801156.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:35411318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr3:35412216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,B40,C58
Chr3:35412241 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B31,B82
Chr3:35412265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B125,C16,C22
Chr3:35412277 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B82
Chr3:35412277 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B82
Chr3:35412352 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 19 A2,B1,B101,B104,B108,B139,B28,B40,B42,B47,B58,C22,C61,C65,C68,C83,D10,D11,D6
Chr3:35412368 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 A19,C9
Chr3:35412368 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 A19,C9
Chr3:35412401 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B40,C58
Chr3:35412401 A AG 1bp_insertion CDS_variant 2 B40,C58
Chr3:35412405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945173.1
TCCTAAATTAACGCAAGTAATTACTGAATTTACTCTCCCTCTACCTACCTCTTTCGCACAACAACCGCACGCTTCAGCAAAACCCTAAACAAGACGGCAATTTATCTCTAATTACATCGGCGGAGACGGCGATTCTTCTGTGATTGCATCGGCGGACTTGGATTTTGCATCGGCGGACTTGGATTTTGCACCGGCGGCCTTGGATTACAGCTGACAATGACTGGAAAGGGGAAGAAGAAAGCGCGTTCCGATGGCGAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016471
ATGACTGGAAAGGGGAAGAAGAAAGCGCGTTCCGATGGCGAGCCATCATCAGCACCGTCTTCAAGTAAACGGAGAAAAGTAACTGAAGCAGAGGTTGAGCGTATCGTGAAGATGTCGTGGGCTGATAGCAAGAACACTATCGATACAGAAGTATACCTAATGAGGCATTTCGAGACATTCATGGGGGATGGTAAGAAGGGGTGGGCGTGCAACTTATCCAATAAACGCCCACATCAGTTGCAAAGATTGCGTGTAAGGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801156.1
MTGKGKKKARSDGEPSSAPSSSKRRKVTEAEVERIVKMSWADSKNTIDTEVYLMRHFETFMGDGKKGWACNLSNKRPHQLQRLRVRYCATILAWEGNNVKKAIGEKATYAFTKLCKNSGFNVNSALLG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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