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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002258

染色体: Chr03 坐标: 35560831-35561946 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002258
名称SmilChr03G002258
描述uncharacterized SmilChr03G002258
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向35560831 - 35561946 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018712
GeneID131018712
locus_tag-
NCBI NameLOC131018712
原始查询SmilChr03G002258

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=29.9; qcov=0.45; evalue=2.75e-20; confidence=low
RiceOs09g0268800
-
identity=25.9; qcov=0.553; evalue=3.27e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018712

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803405.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057803405.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057803405.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057803405.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057803405.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:35561028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:35561062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr3:35561096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:35561319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr3:35561331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B85,B94,C25
Chr3:35561375 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B33,B49,C32,C68
Chr3:35561375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B49,C32,C68
Chr3:35561388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,C45,C8,D3
Chr3:35561395 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 B117,B132,B64,B65,B8,B91,C23,C3,C31,C6,C65,C7,C70,C80
Chr3:35561405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr3:35561406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C5
Chr3:35561416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B108,B110,C73,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947422.1
ATGGCTGCTCTCTCGCCGTCCGGTCCTCGTGGAAAGGGGGGTCTGAACCTTCCCTCAATCTCCGCAAATTTCCATCCTTCCCCACGTTCTACAACTCCATCTCGTAACCCTAACTCGCCTTCGAGTGATGTTGCTGGACGTCCGATCTTGGAGGACAGCAGCAGCCGAATTCTGGCCATAGGGGGCTGCCCGCTCTCCGTCCCACGTCCGCTCTCCGCCCCACGTCCCCCTGCAGCGAATCTTCCAACAAACCACAGTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018712
ATGGCTGCTCTCTCGCCGTCCGGTCCTCGTGGAAAGGGGGGTCTGAACCTTCCCTCAATCTCCGCAAATTTCCATCCTTCCCCACGTTCTACAACTCCATCTCGTAACCCTAACTCGCCTTCGAGTGATGTTGCTGGACGTCCGATCTTGGAGGACAGCAGCAGCCGAATTCTGGCCATAGGGGGCTGCCCGCTCTCCGTCCCACGTCCGCTCTCCGCCCCACGTCCCCCTGCAGCGAATCTTCCAACAAACCACAGTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803405.1
MAALSPSGPRGKGGLNLPSISANFHPSPRSTTPSRNPNSPSSDVAGRPILEDSSSRILAIGGCPLSVPRPLSAPRPPAANLPTNHSSTAVNLEQPPQVSAVERSYADAALNRKVKRPHLPAHKFNALRPTKEGNQFSLKIPQEMYLKEVENFKFALIGRLLSHKGDKPRFTLELKTELQHMWNISNEWQLIPLGKGYFTLRFSNAEDNALAKGQLLWELAKGQLRIREWMKCFDPFKVNSPLANVWVRIHYLPIDFWNPE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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