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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002260

染色体: Chr03 坐标: 35582928-35587443 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002260
名称SmilChr03G002260
描述ethylene-overproduction protein 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向35582928 - 35587443 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016479
GeneID131016479
locus_tag-
NCBI NameLOC131016479
原始查询SmilChr03G002260

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-overproduction protein 1
产物ethylene-overproduction protein 1
ArabidopsisAT3G51770 (ETO1)
tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824340]
identity=65.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0585900 (OsETOL3)
-
identity=50.9; qcov=0.919; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0010105 (negative regulation of ethylene-activated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF13181 (TPR_8); PF30481 (ETO1_N); PF30484 (ETO1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016479

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057801164.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057801164.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057801164.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801164.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801164.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:35583911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr3:35584245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C2,C26
Chr3:35584388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr3:35584875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr3:35584938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr3:35585035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B64,C24
Chr3:35585239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B67,B97,C46,C53
Chr3:35585444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,C38,C71
Chr3:35585641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C2,C26
Chr3:35585681 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B55
Chr3:35585681 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B55
Chr3:35585812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801164.1
959 aa
N
1
480
959
ETO1_N
ETO1_C
ETO1_C
TPR_8
C
PF30481 ETO1_N 110-182 aa PF30484 ETO1_C 427-613 aa PF30484 ETO1_C 639-954 aa PF13181 TPR_8 781-810 aa
XP_057801165.1
951 aa
N
1
476
951
ETO1_N
ETO1_C
ETO1_C
TPR_8
C
PF30481 ETO1_N 102-174 aa PF30484 ETO1_C 419-605 aa PF30484 ETO1_C 631-946 aa PF13181 TPR_8 773-802 aa
XP_057801166.1
959 aa
N
1
480
959
ETO1_N
ETO1_C
ETO1_C
TPR_8
C
PF30481 ETO1_N 110-182 aa PF30484 ETO1_C 427-613 aa PF30484 ETO1_C 639-954 aa PF13181 TPR_8 781-810 aa
XP_057801167.1
959 aa
N
1
480
959
ETO1_N
ETO1_C
ETO1_C
TPR_8
C
PF30481 ETO1_N 110-182 aa PF30484 ETO1_C 427-613 aa PF30484 ETO1_C 639-954 aa PF13181 TPR_8 781-810 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801164.1 Pfam PF30481 ETO1_N Repeat 110 182 8.7e-26 90.4 ETO1 N-terminal domain
XP_057801164.1 Pfam PF30484 ETO1_C Repeat 427 613 1.1e-185 616.9 ETO1 C-terminal domain
XP_057801164.1 Pfam PF30484 ETO1_C Repeat 639 954 1.1e-185 616.9 ETO1 C-terminal domain
XP_057801164.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 781 810 1.4e-07 31.8 Tetratricopeptide repeat
XP_057801165.1 Pfam PF30481 ETO1_N Repeat 102 174 8.5e-26 90.5 ETO1 N-terminal domain
XP_057801165.1 Pfam PF30484 ETO1_C Repeat 419 605 1.1e-185 617.0 ETO1 C-terminal domain
XP_057801165.1 Pfam PF30484 ETO1_C Repeat 631 946 1.1e-185 617.0 ETO1 C-terminal domain
XP_057801165.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 773 802 1.3e-07 31.9 Tetratricopeptide repeat
XP_057801166.1 Pfam PF30481 ETO1_N Repeat 110 182 8.7e-26 90.4 ETO1 N-terminal domain
XP_057801166.1 Pfam PF30484 ETO1_C Repeat 427 613 1.1e-185 616.9 ETO1 C-terminal domain
XP_057801166.1 Pfam PF30484 ETO1_C Repeat 639 954 1.1e-185 616.9 ETO1 C-terminal domain
XP_057801166.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 781 810 1.4e-07 31.8 Tetratricopeptide repeat
XP_057801167.1 Pfam PF30481 ETO1_N Repeat 110 182 8.7e-26 90.4 ETO1 N-terminal domain
XP_057801167.1 Pfam PF30484 ETO1_C Repeat 427 613 1.1e-185 616.9 ETO1 C-terminal domain
XP_057801167.1 Pfam PF30484 ETO1_C Repeat 639 954 1.1e-185 616.9 ETO1 C-terminal domain
XP_057801167.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 781 810 1.4e-07 31.8 Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945182.1
CCATTATCCAATGTTCCCCAGAAGAGGATGGCGCCACGCGCGGACTGTGACGCGTGATTTCAATCTCCTCTCCCGTGATAGGGCCAAACATTTCGGTCCGGGAATTGCAGAAAAACTAGAGCTCGACTCGCTTCCATATTTATATTTTATTTTTATTTTTATTTTTATTTAATTTCTGCGGCTAACCATTTCTAACGGGTTTTTACGCCTTTTTCTTTTCCTTTTTTGATTAAAAAAAAAAAAAAAAACTCTGGGCAGCC...
XM_057945183.1
GAGGATGGCGCCACGCGCGGACTGTGACGCGTGATTTCAATCTCCTCTCCCGTGATAGGGCCAAACATTTCGGTCCGGGAATTGCAGAAAAACTAGAGCTCGACTCGCTTCCATATTTATATTTTATTTTTATTTTTATTTTTATTTAATTTCTGCGGCTAACCATTTCTAACGGGTTTTTACGCCTTTTTCTTTTCCTTTTTTGATTAAAAAAAAAAAAAAAAACTCTGGGCAGCCTTTACACGCATTATTTGCGTGAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131016479
ATGCAGCATCACATATTAAACGCAATGCGTGGTTTGAACATGATTGATGGGTGCAAAGGCGCCCAGGTTTTCTCCCTTAATCCGATGGCCGGCGGCGGGGGCGGTGGAGCGGCCGGCGGCGGCGGAAAAGAGGGTTTCCTGCAGCAATTGCAAGAACATCTGAGGGTTAATTCAGTGAGGTCGAGAGCTCAGCAGCGCTATCAGAGTTTTTCTCAGACTAATAATGGGAATTCTACAACTGTAGCAGAGGCTATTGCAGC...
LOC131016479
ATGCAGCATCACATATTAAACGCAATGCGTGGTTTGAACATGATTGATGGGTGCAAAGGCGCCCAGGTTTTCTCCCTTAATCCGATGGCCGGCGGCGGGGGCGGTGGAGCGGCCGGCGGCGGCGGAAAAGAGGGTTTCCTGCAGCAATTGCAAGAACATCTGAGGGTTAATTCAGTGAGGTCGAGAGCTCAGCAGCGCTATCAGAGTTTTTCTCAGACTAATAATGGGAATTCTACAACTGTAGCAGAGGCTATTGCAGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057801164.1
MQHHILNAMRGLNMIDGCKGAQVFSLNPMAGGGGGGAAGGGGKEGFLQQLQEHLRVNSVRSRAQQRYQSFSQTNNGNSTTVAEAIAAYGLPKTDLIEPQIDPFLKFVDFVGVLADAYRRLENCPELERSEMYMEQCAIFRGLPDPKLFRRCLRSARQHAVDVHSKVVLSAWLRYERREDELLGVSALDCSGWSMECPKTSLVSGYNPESANDSCLCFRGREEDEDDLEADVECSTSLSYGGYVVDDDDDDYDMWFCVGED...
XP_057801165.1
MRGLNMIDGCKGAQVFSLNPMAGGGGGGAAGGGGKEGFLQQLQEHLRVNSVRSRAQQRYQSFSQTNNGNSTTVAEAIAAYGLPKTDLIEPQIDPFLKFVDFVGVLADAYRRLENCPELERSEMYMEQCAIFRGLPDPKLFRRCLRSARQHAVDVHSKVVLSAWLRYERREDELLGVSALDCSGWSMECPKTSLVSGYNPESANDSCLCFRGREEDEDDLEADVECSTSLSYGGYVVDDDDDDYDMWFCVGEDEVRCNRFK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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