Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002263`

染色体: Chr03 坐标: 35638805-35641676 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002263`
名称	SmilChr03G002263
描述	ammonium transporter 2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	35638805 - 35641676 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016483`
GeneID	`131016483`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016483`
原始查询	`SmilChr03G002263`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ammonium transporter 2
产物	ammonium transporter 2
Arabidopsis	`AT2G38290` (AMT2) ammonium transporter 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818409] identity=72.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0870300` (OsAMT3) - identity=70.2; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0008519 (ammonium channel activity); GO:0072488 (ammonium transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00909 (Ammonium_transp)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016483

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057801170.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057801170.1`
3	Vesicle	囊泡	0.20000	`XP_057801170.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801170.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801170.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:35639169`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B64,C24
`Chr3:35639188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr3:35639335`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr3:35639344`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C10
`Chr3:35639344`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C10
`Chr3:35639347`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr3:35639358`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr3:35639533`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B55,C27
`Chr3:35639650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr3:35639798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr3:35639981`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B53,B66,D2
`Chr3:35640057`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801170.1

485 aa

242

485

Ammonium_transp

PF00909 Ammonium_transp 22-444 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801170.1`	Pfam	`PF00909`	Ammonium_transp	Family	22	444	9.5e-77	259.1	Ammonium Transporter Family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945187.1
ATCCAAAACCATTAAAATAACTATTAGATGCTAAACAAGAATTTTCACCATATGTGTTGAGTGTTGTGTTGAACTTCTAAAAACCACATATACATCATTATTATTCAAGCCCCACCATCCTATATTCCTATTCATCACACACACTTGCTCTATTTTTTATACTTAATTGAAAATTACGACCTTCTTTCCCTGTCCACGCGCGCACACGCCCCGCCCGCCATTAAATAATGGAAACCAAAACGGATCTCAACATATAAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016483
ATGGCCGACGCGTATTTGTCCCGCGGCCCGGCGGTGCCGGACTGGCTGAACAAAGGCGACAACGCGTGGCAGATGACGGCGGCGACGCTGGTGGGCCTCCAGTCCATGCCGGGGCTGGTGATTCTCTACGCCAGCATCGTGAAGAAGAAGTGGGCCGTCAACTCCGCCTTCATGGCGCTCTACGCCTTCGCCGCCGTCTTAATCTGCTGGGTCCTCGTCGCCTTCCGCCTCGCCTTCGGCCGCGAGCTCCTCCCCTTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801170.1
MADAYLSRGPAVPDWLNKGDNAWQMTAATLVGLQSMPGLVILYASIVKKKWAVNSAFMALYAFAAVLICWVLVAFRLAFGRELLPFWGRGGPALDQQYLTGRAAVRESEHYYADGSVETKMNQPFFPMATLVYFQFTFAAITTILLAGSVLGRMNIKAWMAFVPLWLIFCYTVGTYSLWGGGFLFHWGVIDYSGGYVIHLASGISGFTAAYWVGPRLKADRERYVPNNILLMLAGAGLLWMGWSGFNGGAPYAANMVSSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器