Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002281

染色体: Chr03 坐标: 35996670-35998013 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002281
名称SmilChr03G002281
描述uncharacterized SmilChr03G002281
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向35996670 - 35998013 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018722
GeneID131018722
locus_tag-
NCBI NameLOC131018722
原始查询SmilChr03G002281

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018722

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803413.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057803413.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057803413.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057803413.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057803413.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:35996696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B126,B33,C12,D6
Chr3:35996710 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 116 A14,A16,A18,A19,A20,A23,A25,A8,B10,B100,B103,B105,B107,B109,B11,B12,B121,B122,B124,B125,B126,B128,B130,B133,B134,B137,B139,B14,B140,B17,B20,B21,B23,B25,B26,B27,B29,B31,B33,B34,B35,B36,B4,B41,B42,B43,B46,B47,B48,B52,B56,B58,B59,B6,B64,B65,B69,B70,B72,B76,B79,B82,B83,B84,B87,B90,B91,B95,B96,C1,C12,C16,C18,C2,C20,C25,C27,C28,C29,C3,C31,C32,C34,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C5,C50,C51,C55,C60,C62,C63,C67,C69,C70,C72,C73,C74,C79,C8,C81,C82,C85,C86,D2,D3,D4,D5,D6,D9
Chr3:35996712 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 133 A1,A14,A16,A21,A24,A25,A4,A5,A7,A8,B10,B100,B108,B111,B112,B113,B120,B126,B129,B131,B136,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B22,B23,B24,B26,B28,B3,B32,B33,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B50,B51,B57,B6,B62,B66,B68,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B80,B81,B83,B86,B89,B93,B94,B98,B99,C1,C10,C11,C16,C17,C19,C22,C23,C25,C26,C29,C3,C31,C32,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C41,C42,C46,C47,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C67,C68,C69,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C85,C86,C87,D1,D3,D4,D8
Chr3:35996713 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 5 B43,B61,B8,B80,C58
Chr3:35996713 G GA 1bp_insertion CDS_variant 5 B43,B61,B8,B80,C58
Chr3:35996714 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B41,B71,C70
Chr3:35996714 G GA 1bp_insertion CDS_variant 3 B41,B71,C70
Chr3:35996715 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 57 A16,A20,A22,A5,A6,A8,B102,B103,B104,B105,B112,B114,B126,B128,B140,B16,B18,B2,B20,B22,B23,B29,B33,B38,B39,B41,B50,B59,B60,B65,B70,B75,B81,B85,B91,B97,C11,C12,C15,C27,C31,C33,C44,C49,C50,C54,C55,C58,C61,C68,C75,C80,C85,D11,D4,D6,D9
Chr3:35996719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B134,C41
Chr3:35996730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,C44,D11
Chr3:35996744 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 4 A5,B101,C83,D4
Chr3:35996744 CT C 1bp_deletion CDS_variant 4 A5,B101,C83,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947430.1
ATGCCCGGGGAAGACCCTCAAAGGCATTTACAAGACTTTGAGATGGCGTGTGGAACAGTGCGCACCGCAAGTCCAGCCCTTGGCGAGTACATCCGACTCCTCACTTTTCCGTTCTCTCTATTAGAAGGAGCGAGGGAGTGGTTGTACGATTTGCCCGAAGGAAGCATTCGGACCTGGCAAGAGCTGCAGAGCAAGTTTTTAGAACGATACTTCCCAGCCGCCCGAATCCAGAATTTGAGGACTCGAATAAGTAACATCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018722
ATGCCCGGGGAAGACCCTCAAAGGCATTTACAAGACTTTGAGATGGCGTGTGGAACAGTGCGCACCGCAAGTCCAGCCCTTGGCGAGTACATCCGACTCCTCACTTTTCCGTTCTCTCTATTAGAAGGAGCGAGGGAGTGGTTGTACGATTTGCCCGAAGGAAGCATTCGGACCTGGCAAGAGCTGCAGAGCAAGTTTTTAGAACGATACTTCCCAGCCGCCCGAATCCAGAATTTGAGGACTCGAATAAGTAACATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803413.1
MPGEDPQRHLQDFEMACGTVRTASPALGEYIRLLTFPFSLLEGAREWLYDLPEGSIRTWQELQSKFLERYFPAARIQNLRTRISNIKMGTGEILYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIWYFVGGLRRQDRQWLHAACGGSILNKSAAEAFKLIADMAEESRDEEGTIVRTTPVPAPSAQDEKLDKLCNIFEKFMTNQGTPNQGIPNIRKPVKPGGNNGGQNQKPFEPYRQQYNNQGWRQHENLRYDNNNYLGPNQGQTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器