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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002286

染色体: Chr03 坐标: 36037236-36042275 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002286
名称SmilChr03G002286
描述receptor-like protein 48
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向36037236 - 36042275 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016498
GeneID131016498
locus_tag-
NCBI NameLOC131016498
原始查询SmilChr03G002286

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 48
产物receptor-like protein 48
ArabidopsisAT1G47890 (RLP7)
receptor like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841206]
identity=34.8; qcov=0.986; evalue=2.54e-147; confidence=low
RiceOs04g0480500
-
identity=39.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801181.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801181.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801181.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801181.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801181.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:36038158 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 154 A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A23,A24,A5,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B134,B136,B137,B138,B139,B16,B17,B21,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B34,B36,B37,B40,B41,B42,B43,B44,B47,B48,B50,B55,B56,B58,B59,B61,B62,B63,B64,B66,B68,B69,B7,B72,B73,B74,B75,B76,B78,B81,B82,B83,B84,B88,B89,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C20,C22,C28,C29,C31,C32,C33,C34,C36,C37,C38,C4,C41,C43,C45,C47,C5,C51,C52,C53,C54,C56,C60,C62,C65,C67,C68,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C8,C80,C82,C85,C87,D10,D2,D5,D6,D7,D9
Chr3:36038496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr3:36038518 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 11 A19,A20,B101,B106,B121,B34,B52,B61,B86,C11,C36
Chr3:36038568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B122,C32,C68,C87
Chr3:36038592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B42,B43,B90
Chr3:36038614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:36038723 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B107
Chr3:36038723 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B107
Chr3:36038731 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 6 A1,B108,B121,B26,B93,C82
Chr3:36038742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,A22
Chr3:36038748 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B108,B93
Chr3:36038748 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B108,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801181.1
1060 aa
N
1
530
1060
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 29-70 aa PF00560 LRR_1 209-231 aa PF00560 LRR_1 330-351 aa PF13855 LRR_8 376-436 aa PF00560 LRR_1 401-423 aa PF00560 LRR_1 450-472 aa PF00560 LRR_1 546-566 aa PF00560 LRR_1 666-685 aa PF13855 LRR_8 689-748 aa PF00560 LRR_1 714-735 aa PF00560 LRR_1 882-903 aa PF00560 LRR_1 905-927 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801181.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 70 4e-06 27.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057801181.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 209 231 1.1e-55 174.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801181.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 330 351 1.1e-55 174.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801181.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 376 436 3.9e-53 177.8 Leucine rich repeat
XP_057801181.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 401 423 1.1e-55 174.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801181.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 450 472 1.1e-55 174.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801181.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 546 566 1.1e-55 174.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801181.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 666 685 1.1e-55 174.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801181.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 689 748 3.9e-53 177.8 Leucine rich repeat
XP_057801181.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 714 735 1.1e-55 174.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801181.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 882 903 1.1e-55 174.2 Leucine Rich Repeat
XP_057801181.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 905 927 1.1e-55 174.2 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945198.1
AACAAATGTTTTGAAACATAAGATCTTATTTACATTACAACTTACGAAAGGGACTTCAAAGTAGCCAGCGATATAAGCAAGAAGCCTTCCCCAGCATATGTGTACACAAATTCAAACCTTAATTTTACTATCAATGGAATGTTTCCAAGTCAATCCAAAACGTCCAACTTCCGCCAAGACTTCGACACTAGTTTCAGTGGGACATAACAAATAAAGAGTACCTCCGACGTATTAAAAAATGTCTTTAGTATAACGAATAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016498
ATGAGAATTCAAGGCCTCTCATGGTTTCTTTTGATATCCTTTTTCCAAATTCTGTTTGTTGCTCGGGCTTCCACTCTATGCCTTGATGATCAAAGGTTGTTATTGCTGCAGTTGAAGAGCAGCCTTGTTTATGAATCAACTTTTTCTAGCAAGCTGGTGAAGTGGAACCAGATTGATGATTGCTGCAGATGGGATGGGATAGATTGTGATGGAGCAGGACGTGTGATCAGTTTGAACCTCGAGAACGAGACGATTTCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801181.1
MRIQGLSWFLLISFFQILFVARASTLCLDDQRLLLLQLKSSLVYESTFSSKLVKWNQIDDCCRWDGIDCDGAGRVISLNLENETISGEIHNSSALFKLQYLEKLNLAFNYFNSKQIPKGLQNLTNLSYLNLSEAGFGGQVPIAISRLRSLVILDLSTLFGRYQPLKLEKPNLQRLVQNLPMLREVYLDNVNISSQKSEWCQVLSSSLPNLTTLSLRSCGLSGPLDSSIAGLHSLSILHLDGNNLLTTVPEFMAKFSNLTT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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