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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002301

染色体: Chr03 坐标: 36221533-36226018 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002301
名称SmilChr03G002301
描述ERBB-3 BINDING PROTEIN 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向36221533 - 36226018 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016513
GeneID131016513
locus_tag-
NCBI NameLOC131016513
原始查询SmilChr03G002301

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ERBB-3 BINDING PROTEIN 1
产物ERBB-3 BINDING PROTEIN 1
ArabidopsisAT3G51800 (ATG2)
metallopeptidase M24 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824343]
identity=78.3; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0350500
-
identity=83; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00557 (Peptidase_M24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016513

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801206.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057801206.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057801206.1
4 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057801206.1
5 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057801206.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:36221906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr3:36222146 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr3:36222190 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr3:36222326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:36222499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B61
Chr3:36222874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr3:36224804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr3:36225289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr3:36225359 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B60
Chr3:36225359 CCT C 2bp_deletion CDS_variant 1 B60
Chr3:36225570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B52,C54
Chr3:36225621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801206.1
392 aa
N
1
196
392
Peptidase_M24
C
PF00557 Peptidase_M24 21-224 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801206.1 Pfam PF00557 Peptidase_M24 Domain 21 224 1.6e-21 77.8 Metallopeptidase family M24

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945223.1
AAAGAAAAGAAAAGGGAAATTGCAGTGATCCATTTACTTATTTTGGGGGTGGTGGGGGCGGGGCGTGCCAAAACCCTACCCTAAAACACTTCGTAGGCGGAAACCACATTATATAAAGCCGACTGCTCACTCATACTGCCGACCTCAAGCTCTTTCACTTCAACCCTCACGCATCCTCACTCACTCATAAACCCTAATTTTATTCCTTTCTCCCCTAACTTCTGCCGATAAATTTCCATTTGTTTAAACGATGTCGGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016513
ATGTCGGATGAGGAGCGGGAGGAGAAGGAGTTGGATCTCACCTCTCCTGAAGTCGTCACCAAATACAAATCCGCCGCTGAAATTGTTAACAAGGCACTGCAATTAGTGTTGTCTGAATGCAGACCGAAGGCTAAGATTGTTGACCTTTGCGAGAAAGGAGACTCTTTCATAAGAGAACAAACTGCCAACATGTACAAAAATGTGAAAAAGAAGATTGAAAAGGGTATTGGTTTCCCAACCTGCATATCAGTCAACAATAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801206.1
MSDEEREEKELDLTSPEVVTKYKSAAEIVNKALQLVLSECRPKAKIVDLCEKGDSFIREQTANMYKNVKKKIEKGIGFPTCISVNNTVCHFSPLASDEAVLEEGDILKIDMGCHIDGFIAVVAHTHVLQEGPVTGRAADVIAAANTAAEVALRLVRPGKKNKDVSEAIQKVAAAYDCKIVEGVLSHQMKQYVIDGNKVVLNVSGPDTRVDDAEFEENEVYAIDIVTSTGEGKPRLLDERKTTIYKRAVDKNYHLKMKASR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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