Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002306`

染色体: Chr03 坐标: 36291922-36293017 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002306`
名称	SmilChr03G002306
描述	uncharacterized SmilChr03G002306
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	36291922 - 36293017 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016519`
GeneID	`131016519`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016519`
原始查询	`SmilChr03G002306`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AmmeMemoRadiSam system protein B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817066]; symbol=AT2G25280; hit=AT2G25280; species=arabidopsis; confidence=high
产物	AmmeMemoRadiSam system protein B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817066]; symbol=AT2G25280; hit=AT2G25280; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G25280` (AT2G25280) AmmeMemoRadiSam system protein B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817066] identity=80.1; qcov=1; evalue=8.21e-175; confidence=high
Rice	`Os08g0299000` - identity=78.7; qcov=1; evalue=7.87e-174; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01875 (Memo)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016519

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801209.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057801209.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801209.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801209.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801209.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:36292211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr3:36292412`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B105,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801209.1

291 aa

146

291

Memo

PF01875 Memo 5-285 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801209.1`	Pfam	`PF01875`	Memo	Domain	5	285	1.1e-82	278.2	Memo-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945226.1
ATGGACAAGATTAGGAGACCTTCTCACGCTGGCTCTTGGTACACCGACAATCCGAAAGAATTAGCTGAGGAGCTCGATGGTTGGCTCCGAGCTGCCGGGTTGCCCAAATCTTCCGATGTAAGAGGTGTAATTGCACCTCATGCAGGTTACTCCTATTCGGGTCGTGCAGCAGCCTATGCTTTTGGAAACATAGATCCTTCAAACATCACTAGGATATTTCTTCTTGGGCCATCTCATCACTATTACACTCCAAAATGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016519
ATGGACAAGATTAGGAGACCTTCTCACGCTGGCTCTTGGTACACCGACAATCCGAAAGAATTAGCTGAGGAGCTCGATGGTTGGCTCCGAGCTGCCGGGTTGCCCAAATCTTCCGATGTAAGAGGTGTAATTGCACCTCATGCAGGTTACTCCTATTCGGGTCGTGCAGCAGCCTATGCTTTTGGAAACATAGATCCTTCAAACATCACTAGGATATTTCTTCTTGGGCCATCTCATCACTATTACACTCCAAAATGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801209.1
MDKIRRPSHAGSWYTDNPKELAEELDGWLRAAGLPKSSDVRGVIAPHAGYSYSGRAAAYAFGNIDPSNITRIFLLGPSHHYYTPKCALSKATVYKTPIGDLPIDQEVNEELKATGKFEMMDLRVDEAEHSMEMHLPYLVKVFQGYAVKIVPILVGALSAENEAVYGRLLAKYVDDPTNFFSVSSDFCHWGSRFNYTHYDKKHGAIYKSIEALDKMGMDIIETGDPDAFKHYLLETDNTICGRHPISVFLHMLKNSSTKVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器