当前解析结果
SmilChr03G002307| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002307 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002307 |
| 描述 | chaperone protein dnaJ GFA2, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 36323387 - 36324470 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016520 |
|---|---|
| GeneID | 131016520 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016520 |
| 原始查询 | SmilChr03G002307 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chaperone protein dnaJ GFA2, mitochondrial-like |
| 产物 | chaperone protein dnaJ GFA2%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT5G48030 (GFA2)gametophytic factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834854] identity=56.6; qcov=0.988; evalue=6.3e-27; confidence=medium |
| Rice | Os06g0116800 (OsDjA9)- identity=67.5; qcov=0.952; evalue=8.03e-34; confidence=medium |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0031072 (heat shock protein binding); GO:0042026 (protein refolding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00684 (DnaJ_CXXCXGXG) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016520 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057801210.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057801210.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057801210.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057801210.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801210.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:36323515 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr3:36323660 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr3:36323846 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B27,B38,B39,B44,C36,C55 |
Chr3:36323891 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr3:36323892 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B60,D8 |
Chr3:36324028 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A9,B130,B140,B35,C82 |
Chr3:36324053 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,B57 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801210.1PF00684
DnaJ_CXXCXGXG 33-82 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801210.1 |
Pfam | PF00684 |
DnaJ_CXXCXGXG | Domain | 33 | 82 | 2e-11 | 44.7 | DnaJ central domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。