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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002318

染色体: Chr03 坐标: 36537037-36545350 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002318
名称SmilChr03G002318
描述AMP deaminase
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向36537037 - 36545350 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016530
GeneID131016530
locus_tag-
NCBI NameLOC131016530
原始查询SmilChr03G002318

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AMP deaminase
产物AMP deaminase
ArabidopsisAT2G38280 (FAC1)
AMP deaminase, putative / myoadenylate deaminase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818408]
identity=79.6; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0349200
-
identity=89.8; qcov=0.475; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003876 (AMP deaminase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0032264 (IMP salvage); GO:0046033 (AMP metabolic process)
KEGGsmil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04820 (Cytoskeleton in muscle cells - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00962 (A_deaminase); PF19326 (AMP_deaminase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016530

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057801224.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057801224.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057801224.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801224.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801224.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:36537441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:36539079 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B115
Chr3:36539079 CTG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B115
Chr3:36539140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C22,D4
Chr3:36540156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:36542654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:36542681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C14
Chr3:36543418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr3:36543430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr3:36544601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,D11
Chr3:36544637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801224.1
825 aa
N
1
412
825
AMP_deaminase
A_deaminase
C
PF19326 AMP_deaminase 222-812 aa PF00962 A_deaminase 640-766 aa
XP_057801225.1
825 aa
N
1
412
825
AMP_deaminase
A_deaminase
C
PF19326 AMP_deaminase 222-812 aa PF00962 A_deaminase 640-766 aa
XP_057801226.1
825 aa
N
1
412
825
AMP_deaminase
A_deaminase
C
PF19326 AMP_deaminase 222-812 aa PF00962 A_deaminase 640-766 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801224.1 Pfam PF19326 AMP_deaminase Domain 222 812 0 1020.9 AMP deaminase
XP_057801224.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 640 766 1.3e-09 38.4 Adenosine deaminase
XP_057801225.1 Pfam PF19326 AMP_deaminase Domain 222 812 0 1020.9 AMP deaminase
XP_057801225.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 640 766 1.3e-09 38.4 Adenosine deaminase
XP_057801226.1 Pfam PF19326 AMP_deaminase Domain 222 812 0 1020.9 AMP deaminase
XP_057801226.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 640 766 1.3e-09 38.4 Adenosine deaminase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945241.1
CTTAACGCATAAACGAATGGAAAAAATACCAAACGCATAAACGAATAACGTTATTGGTGCTGTGCCCTTGCCTCCGGTTCTCTCTTTCTCTCTCCTCTCTCCCTCCTTCCCTTTCTAGCCTATAAATACTGCCACCTCTCCCCTTCCCCTTCTTCTCTCCTAACCAAAATAATTTCTCTACTATCTTCAGTTTGTAGGGTTTTTCGATTCTCTCTCTACAACGTACACTGATTCTGTGTAAATACAGTCATACCTACGTC...
XM_057945242.1
AAAATACCAAACGCATAAACGAATAACGTTATTGGTGCTGTGCCCTTGCCTCCGGTTCTCTCTTTCTCTCTCCTCTCTCCCTCCTTCCCTTTCTAGCCTATAAATACTGCCACCTCTCCCCTTCCCCTTCTTCTCTCCTAACCAAAATAATTTCTCTACTATCTTCAGTTTGTAGGGTTTTTCGATTCTCTCTCTACAACGTACACTGATTCTGTGTAAATACAGTCATACCTACGTCATACTGTACGGCGGAATGGACT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131016530
ATGGACTCTTATTCGCTGCATCTTGCAATGGCGGCACTCTTCGGAGCGTCGTTCGTGGCGGTGTCGGCGTACTATATGCACAGGAAAACCCTGAACCAGCTGCTGGAGTTCGCCAAGGCGATAGAGAGGGAGAGAGACGACTTCGCGGCGGAGGATGGCGACGCCGCGGAGCAGCTCAAGCGCTATCCCTCGCGGAGACGCAGGAAGGGGAACGGCGGCTACAATCGCCGCGGCTCTGCGTCGTTGCCGGACGTGACGGC...
LOC131016530
ATGGACTCTTATTCGCTGCATCTTGCAATGGCGGCACTCTTCGGAGCGTCGTTCGTGGCGGTGTCGGCGTACTATATGCACAGGAAAACCCTGAACCAGCTGCTGGAGTTCGCCAAGGCGATAGAGAGGGAGAGAGACGACTTCGCGGCGGAGGATGGCGACGCCGCGGAGCAGCTCAAGCGCTATCCCTCGCGGAGACGCAGGAAGGGGAACGGCGGCTACAATCGCCGCGGCTCTGCGTCGTTGCCGGACGTGACGGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057801224.1
MDSYSLHLAMAALFGASFVAVSAYYMHRKTLNQLLEFAKAIERERDDFAAEDGDAAEQLKRYPSRRRRKGNGGYNRRGSASLPDVTAFSGGAGEVDEKRNGPVRVDSIPAGLPRLHTLPEGHLIRPTSPKSPVASASAFESVEGSDDEDLTDGAKLDATYILTNGDANLTNVNGEQMPVAPSMIRSHSVSGDLHGVQPDPVAADILRKEPEHETFVRLRISPTEIPSVDEMEVYRAIQDCLELRKSYIFREAVAPWEKEV...
XP_057801225.1
MDSYSLHLAMAALFGASFVAVSAYYMHRKTLNQLLEFAKAIERERDDFAAEDGDAAEQLKRYPSRRRRKGNGGYNRRGSASLPDVTAFSGGAGEVDEKRNGPVRVDSIPAGLPRLHTLPEGHLIRPTSPKSPVASASAFESVEGSDDEDLTDGAKLDATYILTNGDANLTNVNGEQMPVAPSMIRSHSVSGDLHGVQPDPVAADILRKEPEHETFVRLRISPTEIPSVDEMEVYRAIQDCLELRKSYIFREAVAPWEKEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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