Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002329`

染色体: Chr03 坐标: 36646086-36648883 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002329`
名称	SmilChr03G002329
描述	wall-associated receptor kinase 5-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	36646086 - 36648883 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016537`
GeneID	`131016537`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016537`
原始查询	`SmilChr03G002329`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	wall-associated receptor kinase 5-like
产物	wall-associated receptor kinase 5-like
Arabidopsis	`AT1G21230` (WAK5) wall associated kinase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838718] identity=44; qcov=0.959; evalue=0; confidence=medium
Rice	`Os04g0598900` (OsWAK50) - identity=43.6; qcov=0.93; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway); GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG	-
Pfam	PF00008 (EGF); PF00069 (Pkinase); PF07645 (EGF_CA); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12947 (EGF_3); PF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016537

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057801232.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801232.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801232.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801232.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801232.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:36646320`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A7
`Chr3:36646320`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A7
`Chr3:36646365`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:36646456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B50,C85
`Chr3:36646471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr3:36646506`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr3:36646558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr3:36646563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr3:36646693`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:36646711`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C23
`Chr3:36647014`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C44,C61,C69
`Chr3:36647062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801232.1

753 aa

376

753

GUB_WAK_bind

EGF_CA

EGF

EGF_3

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF13947 GUB_WAK_bind 32-87 aa PF07645 EGF_CA 296-330 aa PF00008 EGF 300-328 aa PF12947 EGF_3 300-331 aa PF00069 Pkinase 421-689 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 425-692 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801232.1`	Pfam	`PF13947`	GUB_WAK_bind	Domain	32	87	2.1e-09	38.3	Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
`XP_057801232.1`	Pfam	`PF07645`	EGF_CA	Domain	296	330	2.9e-08	34.5	Calcium-binding EGF domain
`XP_057801232.1`	Pfam	`PF00008`	EGF	Domain	300	328	0.00013	22.9	EGF-like domain
`XP_057801232.1`	Pfam	`PF12947`	EGF_3	Domain	300	331	7.5e-10	39.6	EGF domain
`XP_057801232.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	421	689	5.1e-49	167.7	Protein kinase domain
`XP_057801232.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	425	692	4.1e-47	161.4	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945249.1
TCATCGCATGAATTAAAAATGTCCCTACACACTAATACAGCCTTCCTGCATCTCGTAATCCTATGTTTCCCACTCGCTCTAACCCTAACCATCGCCAACACCAAACCCAACTGCCAAAGCAAGTGCGGGAACCTAACCGTCCCGTACCCCTTCGGCATCGGAGTCGGATCGGGCTGCTCGATGAGCCCGTGGTACGACGTCAACTGCGACGCCTCCTTCGCGCCGCCGCGCCCCTTCATCGCCTCGGGCAACCTCGAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016537
ATGTCCCTACACACTAATACAGCCTTCCTGCATCTCGTAATCCTATGTTTCCCACTCGCTCTAACCCTAACCATCGCCAACACCAAACCCAACTGCCAAAGCAAGTGCGGGAACCTAACCGTCCCGTACCCCTTCGGCATCGGAGTCGGATCGGGCTGCTCGATGAGCCCGTGGTACGACGTCAACTGCGACGCCTCCTTCGCGCCGCCGCGCCCCTTCATCGCCTCGGGCAACCTCGAGATCGTCTCCATCACAGGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801232.1
MSLHTNTAFLHLVILCFPLALTLTIANTKPNCQSKCGNLTVPYPFGIGVGSGCSMSPWYDVNCDASFAPPRPFIASGNLEIVSITGDALRIKSWVAARCYDASGNITRQNRVLINITGSPFAFSQRNSFTVIGCDEQALLNFNGFGALGFTSGCISICSDRADLGAGDCSGVGCCQTAIPKGMQLMNSFLGTTTGHVSVWSFNPCGYAFLGDPTSYSFAPSDLADPGFQNRTVDNVGLVLDWAVGNQSCSEARKSEDFAC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器