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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002334

染色体: Chr03 坐标: 36817041-36819289 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002334
名称SmilChr03G002334
描述uncharacterized SmilChr03G002334
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向36817041 - 36819289 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018736
GeneID131018736
locus_tag-
NCBI NameLOC131018736
原始查询SmilChr03G002334

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0307900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0307900; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G51172 (AT1G51172)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434]
identity=26.8; qcov=0.396; evalue=1.58e-16; confidence=low
RiceOs02g0307900
-
identity=28.5; qcov=0.378; evalue=6.61e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018736

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803426.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057803426.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803426.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803426.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803426.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:36817229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B85
Chr3:36817263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr3:36817308 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B136,B64,C19,C5
Chr3:36817315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C36
Chr3:36817318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr3:36817323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr3:36817325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,C19,C64
Chr3:36817333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C66
Chr3:36817336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr3:36817338 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 50 A10,A13,A22,A5,A8,B1,B102,B11,B110,B113,B114,B118,B131,B134,B14,B17,B18,B23,B25,B3,B30,B37,B40,B47,B55,B61,B73,B79,B82,B9,B94,C14,C19,C25,C29,C30,C38,C39,C42,C43,C63,C64,C66,C79,C87,C9,D1,D11,D2,D8
Chr3:36817346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr3:36817355 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 71 A15,A21,A3,A5,A7,A8,A9,B110,B114,B117,B119,B128,B129,B131,B133,B136,B137,B139,B15,B2,B20,B25,B28,B45,B47,B5,B51,B52,B55,B56,B57,B64,B67,B71,B72,B78,B84,B88,B89,B92,C10,C11,C19,C20,C26,C28,C3,C32,C33,C35,C45,C47,C53,C58,C60,C62,C63,C68,C7,C70,C75,C76,C80,C83,C85,C86,C87,D10,D11,D2,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947443.1
ATGTCTGATATGTCTTACCGAAGTAGGGACAACACAGGTTCGTCGGGTAGTTCCGTTAAGATATTTGGTGATGGCGAGAGCGCGATGTGTCTTGCCATTACGGGAAATGTGGTTGGGTCCGGTTGGGCTAAGTTTCCTGCTAAAAAATCTAGAGTCGGGTTTGGGGTGAATAGTTTTGGTCCCATTGTGGGTTCTCAAGAGATGGGTGACACTCTTCCAAAAAGCAATCGTGCTTCTAAGATAAATTCTGAGGATCAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018736
ATGTCTGATATGTCTTACCGAAGTAGGGACAACACAGGTTCGTCGGGTAGTTCCGTTAAGATATTTGGTGATGGCGAGAGCGCGATGTGTCTTGCCATTACGGGAAATGTGGTTGGGTCCGGTTGGGCTAAGTTTCCTGCTAAAAAATCTAGAGTCGGGTTTGGGGTGAATAGTTTTGGTCCCATTGTGGGTTCTCAAGAGATGGGTGACACTCTTCCAAAAAGCAATCGTGCTTCTAAGATAAATTCTGAGGATCAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803426.1
MSDMSYRSRDNTGSSGSSVKIFGDGESAMCLAITGNVVGSGWAKFPAKKSRVGFGVNSFGPIVGSQEMGDTLPKSNRASKINSEDQLRWIRRAYSIPEWASLHAPDTSLRPNWDVEGMVCMYELPFTLGLRLPLPRLVVELCNYYRISPSQLMPNTWRILMAAEVFAERKGFDINMYDVLYAYQLGETRIDKGHYQFNSRSDAPMLITNLPEDRTKWKEKYFFISVEALGIQDGYKVPSAWSKPRQINGSLPVICGLPER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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