Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002345`

染色体: Chr03 坐标: 36981758-36984263 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002345`
名称	SmilChr03G002345
描述	PHD finger protein ALFIN-LIKE 2-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	36981758 - 36984263 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016550`
GeneID	`131016550`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016550`
原始查询	`SmilChr03G002345`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	PHD finger protein ALFIN-LIKE 2-like
产物	PHD finger protein ALFIN-LIKE 2-like
Arabidopsis	`AT5G05610` (AL1) alfin-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830444] identity=76.8; qcov=1.01; evalue=3.08e-121; confidence=high
Rice	`Os05g0163100` - identity=67.7; qcov=0.996; evalue=5.85e-119; confidence=high
GO	GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0042393 (histone binding)
KEGG	-
Pfam	PF00628 (PHD); PF12165 (Alfin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016550

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801255.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057801255.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801255.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801255.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801255.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:36982036`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19
`Chr3:36982062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B25,B88,D11
`Chr3:36982128`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:36983009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,B88
`Chr3:36983908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr3:36983915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr3:36983918`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801255.1

239 aa

120

239

Alfin

PHD

PF12165 Alfin 10-135 aa PF00628 PHD 187-233 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801255.1`	Pfam	`PF12165`	Alfin	Family	10	135	3.4e-69	231.2	Alfin
`XP_057801255.1`	Pfam	`PF00628`	PHD	Domain	187	233	1.3e-09	38.6	PHD-finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945272.1
AGGGATTGCGGAACAAAGAAGAATAAAGAGAAAAAACAAAAAGAAAAAGGAAAAAAGACGATTCACAAAATAGCAGCAAGCAACGACGCCGTATTAAAGTCTAGCCCTTTTTACAATTTCGCCTGCCTCTGTTTTCTGATTGTAGCGTTACATGCACACTCAAAACTCTTCTCTCCCTCTCTTCTCTCTGCAATTTCATACAATTCTTTCAATTTCTTCATGTAAATTCTGATTGTTTTGCTCAATAGATTCTAGATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016550
ATGGCATCAGTTTCCTCGAGTCCTCGAACTGTAGAGGAGATCTTCAAAGATTACAGTGCTCGTCGCGCCGGAATCGTTCGTGCTTTAACTAATGATGTGGATGAATTTTACGGGCTCTGCGATCCAGAGAAGGAGAATTTGTGTCTGTATGGACACCCAAATGAAACTTGGGAAGTAAATCTCCCGGCTGAGGAAGTTCCACCGGAGCTCCCTGAACCTGCCCTTGGGATCAACTTCGCTAGAGATGGGATGAACCGAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801255.1
MASVSSSPRTVEEIFKDYSARRAGIVRALTNDVDEFYGLCDPEKENLCLYGHPNETWEVNLPAEEVPPELPEPALGINFARDGMNRRDWLSLIAVHSDGWLLSVAFYQGARLNRNERKRLFSMINELPTAYDVVTEKKPVKDKPNADSGSKSRVSTKRTIDGQVKSNPKLAEESFEEEEDEHSETLCGSCGGNYSADEFWIGCDICERWFHGKCVKITPAKADNIKQYKCPSCLKRGRQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器