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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002348

染色体: Chr03 坐标: 37096507-37097205 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002348
名称SmilChr03G002348
描述uncharacterized SmilChr03G002348
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向37096507 - 37097205 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018739
GeneID131018739
locus_tag-
NCBI NameLOC131018739
原始查询SmilChr03G002348

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018739

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057803429.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057803429.1
3 Dendrite Dendrite 0.20000 XP_057803429.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803429.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803429.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:37096522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr3:37096534 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 73 A10,A15,A21,A23,A3,B1,B102,B103,B107,B109,B117,B14,B20,B3,B30,B32,B36,B48,B5,B53,B54,B55,B56,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B71,B84,B87,B88,B96,B97,C12,C17,C18,C23,C30,C35,C43,C44,C46,C5,C50,C51,C53,C55,C58,C6,C60,C62,C64,C66,C7,C71,C75,C76,C77,C79,C80,C81,C82,C84,C86,C87,D1,D11,D2,D6,D8,D9
Chr3:37096557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B76,B93
Chr3:37096574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr3:37096575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B65,B71,B82,B94
Chr3:37096596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,B99
Chr3:37096602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr3:37096630 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 23 A16,A18,B109,B111,B112,B115,B19,B2,B20,B21,B76,B78,B93,C23,C24,C30,C35,C39,C45,C53,C60,C66,D2
Chr3:37096632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr3:37096645 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 C16,C25,C27
Chr3:37096645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C25,C27
Chr3:37096653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947446.1
ATGCAATCGTTTATGGAGCTAAGCAAGCAAAACATGGAGATGACCAAACAGCATTTGGAATCTCAGTCCACAACCATAAAAAGACTTGAGACCACCGTGGGGCAACTGTCGGGCACTCTGAACCAGCTACAGCAGCAGCAGAACCGGCGACATCAGGCTCTGGCCATTACTGCGCTGCCAGAGCAGAATACACCGCCAGCGCTGTCCAAGATGCCAGAGCTGATCAGGGTGCCAGAGCAGAGTACGGTACCAGAGGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018739
ATGCAATCGTTTATGGAGCTAAGCAAGCAAAACATGGAGATGACCAAACAGCATTTGGAATCTCAGTCCACAACCATAAAAAGACTTGAGACCACCGTGGGGCAACTGTCGGGCACTCTGAACCAGCTACAGCAGCAGCAGAACCGGCGACATCAGGCTCTGGCCATTACTGCGCTGCCAGAGCAGAATACACCGCCAGCGCTGTCCAAGATGCCAGAGCTGATCAGGGTGCCAGAGCAGAGTACGGTACCAGAGGAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803429.1
MQSFMELSKQNMEMTKQHLESQSTTIKRLETTVGQLSGTLNQLQQQQNRRHQALAITALPEQNTPPALSKMPELIRVPEQSTVPEERKGTEQKRMPALASPALASSALPYPALPNSALPYPALPNSDPPSAAMPNSAMQNSALQNSALKNPGMQHSALQNPAMQLRRAPEMRRAPELIRRPEQKLHKATTPYQPPIQRPSPPLPPTIVDPTQPLPKQADPGSFILSFGLGRA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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