Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002362`

染色体: Chr03 坐标: 37249932-37253935 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002362`
名称	SmilChr03G002362
描述	uncharacterized SmilChr03G002362
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	37249932 - 37253935 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016543`
GeneID	`131016543`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016543`
原始查询	`SmilChr03G002362`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0141900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os01g0141900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G40070` (AT2G40070) flocculation FLO11-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818595] identity=45.9; qcov=0.631; evalue=1.18e-49; confidence=medium
Rice	`Os01g0141900` - identity=38.9; qcov=1.19; evalue=1.7e-50; confidence=medium
GO	GO:0043622 (cortical microtubule organization); GO:0055028 (cortical microtubule)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016543

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057801241.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057801241.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057801241.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801244.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801244.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:37251052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr3:37251082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B117,D1,D7
`Chr3:37251085`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B119,B127,B34,C59
`Chr3:37251154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B107,B123,B46,C37
`Chr3:37251726`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B35,B64,C24
`Chr3:37251726`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B35,B64,C24
`Chr3:37251729`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B121,B130,B36,B95
`Chr3:37251747`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr3:37251812`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B111,B123,C13
`Chr3:37251840`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	62	A18,A21,A23,A3,A7,B1,B103,B104,B107,B109,B117,B118,B122,B131,B14,B22,B23,B3,B30,B32,B36,B48,B5,B54,B59,B62,B63,B64,B65,B66,B71,B83,B84,B87,B94,B98,C12,C17,C23,C3,C30,C35,C43,C5,C50,C51,C55,C58,C6,C7,C71,C75,C76,C77,C79,C80,C82,C84,C85,D1,D10,D8
`Chr3:37252057`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B25,B88,D11
`Chr3:37252072`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B117,C1,D1,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945258.1
AAATTCGGTGGTTTTGTTTTTTCTCGTTTCCCCAAAATTGCTGCTTTTGTAACATTACATTCGAAACAAAAACGTTTTACAGTTCAAAATCCAACTGATCTCAAAACTTACGTTTGAACTGTGTTTTCTTTTACAAAAAAAAAAAAACCAATAAACACAGTGTGCCCCTCGTTGAAGGAATCAAACAAAAGATTATTGCAAAATTTCATGAGCTTCCTGTTCTTGCTTCCCCACATTTCTCGACTCCCAACTTCTGTGTC...

XM_057945259.1
AATTCGGTGGTTTTGTTTTTTCTCGTTTCCCCAAAATTGCTGCTTTTGTAACATTACATTCGAAACAAAAACGTTTTACAGTTCAAAATCCAACTGATCTCAAAACTTACGTTTGAACTGTGTTTTCTTTTACAAAAAAAAAAAAACCAATAAACACAGTGTGCCCCTCGTTGAAGGAATCAAACAAAAGATTATTGCAAAATTTCATGAGCTTCCTGTTCTTGCTTCCCCACATTTCTCGACTCCCAACTTCTGTGTCA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131016543
ATGGCAGCATCCGTGCAATTTAGGCCACAGAACAGAGATCTTGGGATGGTAATGAGGGAAGTTGATGAAGATCTGGCTATATTTCTCGGGATCCGAAATGTTGAAATGGAGAAAAATGACCATCTTCTAGTTGAGGAATCTCATCAGTTTGATGATGAGTTGAAATGTGCAAAGACATGTTTGGTTGGGGCTGATGATAATTTCCTCAATTTGGAGATGGAAATGAGGGATCATGATTGGCTTTTCAAGCAACCGGATAC...

LOC131016543
ATGCCTTCTTGGTTGTTTCCATCTGCATCCGTGCAATTTAGGCCACAGAACAGAGATCTTGGGATGGTAATGAGGGAAGTTGATGAAGATCTGGCTATATTTCTCGGGATCCGAAATGTTGAAATGGAGAAAAATGACCATCTTCTAGTTGAGGAATCTCATCAGTTTGATGATGAGTTGAAATGTGCAAAGACATGTTTGGTTGGGGCTGATGATAATTTCCTCAATTTGGAGATGGAAATGAGGGATCATGATTGGCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057801241.1
MPSWLFPSASVQFRPQNRDLGMVMREVDEDLAIFLGIRNVEMEKNDHLLVEESHQFDDELKCAKTCLVGADDNFLNLEMEMRDHDWLFKQPDTLLLPSLDADVQVSAASQTKGSKGEGEIPWKSELDVAITASVIESSSTLASVECCTAVSRRPSPSSSARRASTPTGRPSAKSRPSRASTPTSRAALLPSSKPAAAQARSSTPVRPTSRSSTPASRPSIPVVSKSETRSATPTRKPVTPSTTSASDRSSSGKKIVSTVL...

XP_057801242.1
MAASVQFRPQNRDLGMVMREVDEDLAIFLGIRNVEMEKNDHLLVEESHQFDDELKCAKTCLVGADDNFLNLEMEMRDHDWLFKQPDTLLLPSLDADVQVSAASQTKGSKGEGEIPWKSELDVAITASVIESSSTLASVECCTAVSRRPSPSSSARRASTPTGRPSAKSRPSRASTPTSRAALLPSSKPAAAQARSSTPVRPTSRSSTPASRPSIPVVSKSETRSATPTRKPVTPSTTSASDRSSSGKKIVSTVLKSSVPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器