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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002374

染色体: Chr03 坐标: 37374528-37384784 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002374
名称SmilChr03G002374
描述protein CTR9 homolog
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向37374528 - 37384784 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016580
GeneID131016580
locus_tag-
NCBI NameLOC131016580
原始查询SmilChr03G002374

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CTR9 homolog
产物protein CTR9 homolog
ArabidopsisAT3G11540 (SPY)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820327]
identity=22.9; qcov=0.324; evalue=8.25e-09; confidence=weak
RiceOs07g0476200
-
identity=61.9; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000993 (RNA polymerase II complex binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0016570 (GO:0016570); GO:0016593 (Cdc73/Paf1 complex); GO:0051569 (GO:0051569)
KEGG-
PfamPF04733 (Coatomer_E); PF07719 (TPR_2); PF13174 (TPR_6); PF13176 (TPR_7); PF13181 (TPR_8); PF13374 (TPR_10); PF13432 (TPR_16); PF14559 (TPR_19)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016580

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801273.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057801273.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801273.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801273.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057801273.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:37374846 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 96 A1,A11,A15,A16,A18,A19,A21,A23,A3,A9,B1,B100,B103,B107,B109,B11,B118,B120,B122,B131,B132,B133,B14,B17,B2,B22,B23,B3,B30,B32,B36,B37,B42,B43,B44,B54,B56,B58,B59,B6,B60,B62,B63,B64,B65,B66,B71,B74,B75,B76,B77,B83,B84,B87,B89,B90,B93,B94,B96,B98,C12,C14,C17,C21,C23,C24,C29,C30,C33,C35,C36,C40,C41,C43,C49,C50,C51,C52,C55,C57,C58,C6,C7,C71,C75,C76,C77,C79,C8,C80,C82,C84,C85,C9,D10,D8
Chr3:37375092 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,D1,D7
Chr3:37375125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:37375152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,D11
Chr3:37375187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B40,C26
Chr3:37375733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr3:37375743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,C3
Chr3:37376748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:37377224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B69,B82,C1
Chr3:37377814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B136,B96
Chr3:37378605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:37379497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B9,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801273.1
1105 aa
N
1
552
1105
TPR_16
Coatomer_E
TPR_2
TPR_6
TPR_10
TPR_19
TPR_8
TPR_6
TPR_2
TPR_8
TPR_16
TPR_19
TPR_7
TPR_16
TPR_8
TPR_16
TPR_16
C
PF13432 TPR_16 134-190 aa PF04733 Coatomer_E 138-242 aa PF07719 TPR_2 164-193 aa PF13174 TPR_6 164-193 aa PF13374 TPR_10 169-192 aa PF14559 TPR_19 175-235 aa PF13181 TPR_8 200-229 aa PF13174 TPR_6 202-228 aa PF07719 TPR_2 202-229 aa PF13181 TPR_8 304-332 aa PF13432 TPR_16 345-409 aa PF14559 TPR_19 352-411 aa PF13176 TPR_7 377-409 aa PF13432 TPR_16 380-419 aa PF13181 TPR_8 381-407 aa PF13432 TPR_16 434-476 aa PF13432 TPR_16 597-653 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801273.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 134 190 1.2e-40 138.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF04733 Coatomer_E Repeat 138 242 3.1e-06 27.6 Coatomer epsilon subunit
XP_057801273.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 164 193 3.5e-53 174.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13174 TPR_6 Repeat 164 193 2.3e-26 91.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13374 TPR_10 Repeat 169 192 5.8e-14 52.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF14559 TPR_19 Repeat 175 235 3.7e-42 143.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 200 229 9.4e-42 138.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13174 TPR_6 Repeat 202 228 2.3e-26 91.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF07719 TPR_2 Repeat 202 229 3.5e-53 174.0 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 304 332 9.4e-42 138.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 345 409 1.2e-40 138.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF14559 TPR_19 Repeat 352 411 3.7e-42 143.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13176 TPR_7 Repeat 377 409 1.1e-18 66.4 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 380 419 1.2e-40 138.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13181 TPR_8 Repeat 381 407 9.4e-42 138.3 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 434 476 1.2e-40 138.2 Tetratricopeptide repeat
XP_057801273.1 Pfam PF13432 TPR_16 Repeat 597 653 1.2e-40 138.2 Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945290.1
AATGGGCCGAATACATTTATAACAAAAAGTTCATATAATTGGGTCCGAACCCGCCTTTTCGGCCCTCCGTATAAATAAACAGTCACCGGAATTCCGACGTCGGATTTTACAACTACAACACCCCCAAATTCGAATAGGGCTAGCCGCGCCACCGTCTTCCGGTCCCAATTCCGGCCAATAGAGACGTTGTTTCGGGGAACTAGCCTCTTCCAGACCAGCCGAGAGAGAAGGTTGAGAAATTTGGATTCAGAAGTTATGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016580
ATGGCTTGCGTGTATATACCAGTGCAGAATTCGGAGGAAGAGGTGAGGGTGGCTCTCGATCAGCTGCCGCGCGACGCCACCGACATCCTCGACATTCTGAAGGCCGAGCAAGCGCCGCTTGATCTTTGGCTCATAATCGCGAGGGAGTACTTCAAACAAGGAAAGGTTGAACAATTCAAACAAATATTGGAAGAAGGATCCAGTCCTGAGATTGATGAATATTACGCGGACGTAAGATATGAGAGAATTGCAATTCTAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801273.1
MACVYIPVQNSEEEVRVALDQLPRDATDILDILKAEQAPLDLWLIIAREYFKQGKVEQFKQILEEGSSPEIDEYYADVRYERIAILNALGAYYSYLGKIETKHREKEDYFIQATKYYNKASRIDMHEPSTWIGKGQLLLAKGDVEQAFNAFKIVLDGDRDNVPALLGQACVHFNRGRYSEALELYKRALQVYPWAPSIRVGIALCHYKLGRFEKAKQVFHRVLQLDPDNVEALVALGISDLQTNEAVDIRHGMEKMQQAF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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