当前解析结果
SmilChr03G002383| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002383 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002383 |
| 描述 | pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 37615262 - 37616005 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018750 |
|---|---|
| GeneID | 131018750 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018750 |
| 原始查询 | SmilChr03G002383 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| 产物 | pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018750 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057803438.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 1.00000 | XP_057803438.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.60000 | XP_057803438.1 |
| 4 | Nuclear body | 核内小体 | 0.20000 | XP_057803438.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803438.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:37615265 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B113 |
Chr3:37615288 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C42 |
Chr3:37615295 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,A9,C29,C6 |
Chr3:37615309 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr3:37615311 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C43,D1 |
Chr3:37615331 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 20 | A6,B100,B101,B11,B131,B17,B23,B47,B50,B51,B73,B89,B99,C1,C25,C28,C30,C6,C67,D8 |
Chr3:37615361 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B61 |
Chr3:37615361 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B61 |
Chr3:37615373 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B136,B57,C82,C83 |
Chr3:37615387 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C34 |
Chr3:37615399 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr3:37615401 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。