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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002396

染色体: Chr03 坐标: 37977945-37979123 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002396
名称SmilChr03G002396
描述uncharacterized SmilChr03G002396
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向37977945 - 37979123 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018757
GeneID131018757
locus_tag-
NCBI NameLOC131018757
原始查询SmilChr03G002396

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018757

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803444.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057803444.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057803444.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803444.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803444.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:37977989 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 18 A10,A3,B1,B10,B18,B29,B31,B48,B83,B91,C11,C35,C46,C62,C65,C69,C76,C85
Chr3:37978023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B97,C1
Chr3:37978032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr3:37978055 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 29 B105,B109,B112,B12,B129,B15,B19,B31,B42,B43,B55,B78,B83,B9,B90,B92,C11,C18,C2,C27,C35,C48,C59,C63,C64,C66,C69,C79,C9
Chr3:37978061 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B114,B25,B68,B88,D2,D3,D9
Chr3:37978066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,C39,C6
Chr3:37978067 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B140
Chr3:37978067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:37978097 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B32,C64
Chr3:37978097 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 2 B32,C64
Chr3:37978104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,D10
Chr3:37978120 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 12 A19,A25,A6,B100,B123,B36,B39,B96,C10,C44,C5,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947461.1
ATGGCAAAGACTAAACGAGAAACTGGTTCTGGAAGCACTCAACCTCCAGCGAGGAAAAAGACCACCAAACCCCGACCTTTGACGAAACGAACTACTAGGCGGACTACCTCCGAGGAAACTTCTATCAAAGTTACCGAAGAGCCAATCGTGACCATTCAGACGGAGCAAAAAGGGCTGGAAGATGTTCCTGCCATGGAAGAGCATGAGGTTGAGAAAGAAACCTCAGAAGAGATGATCGAGGCACCGGAAAAGCCAGTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018757
ATGGCAAAGACTAAACGAGAAACTGGTTCTGGAAGCACTCAACCTCCAGCGAGGAAAAAGACCACCAAACCCCGACCTTTGACGAAACGAACTACTAGGCGGACTACCTCCGAGGAAACTTCTATCAAAGTTACCGAAGAGCCAATCGTGACCATTCAGACGGAGCAAAAAGGGCTGGAAGATGTTCCTGCCATGGAAGAGCATGAGGTTGAGAAAGAAACCTCAGAAGAGATGATCGAGGCACCGGAAAAGCCAGTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803444.1
MAKTKRETGSGSTQPPARKKTTKPRPLTKRTTRRTTSEETSIKVTEEPIVTIQTEQKGLEDVPAMEEHEVEKETSEEMIEAPEKPVEEEQPAPTPSIKKPRKTLKKSTPAQAAKEREVTPVLPAPLKPAPSFEEGKTTTESEEGEEEGEEATHETEVEASTPQSKVVKIGAKRKLDVTKPHLPTKTKPAAAESKTKGKEVQSKAKKATPAEKGKGKQDEEDPERTETVESSKSDEVLAPKKPTSTLEELGIKERVEGYFD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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