Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002404`

染色体: Chr03 坐标: 38126882-38128429 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002404`
名称	SmilChr03G002404
描述	uncharacterized SmilChr03G002404
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	38126882 - 38128429 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018765`
GeneID	`131018765`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018765`
原始查询	`SmilChr03G002404`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=39; qcov=0.377; evalue=3.21e-27; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018765

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803452.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057803452.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803452.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803452.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803452.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:38126895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,B94,C64,C66
`Chr3:38126902`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B25,B35
`Chr3:38126902`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,B35
`Chr3:38126908`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A20,B127,B137,B16,B38,B39,B91,B99,C19,C39,D7
`Chr3:38126949`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr3:38126958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr3:38126960`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:38127002`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B4,D10
`Chr3:38127004`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B13,C73
`Chr3:38127023`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C47
`Chr3:38127056`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,B131
`Chr3:38127059`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947469.1
ATGGCTAGAAGGAATGATCTTTTTTCCTTTGAGAAGGCTGCCATCATCCAATTTTTCTTGAAGGAAGCCAAAGTGGAAAACCAGCTAGAGGCAAGATCAATGCTGCGGTGCAAAACTGGAGTTGTTGCCAACGAACGATTAGTCGTATTTGGGCAGCTGCAAATAAACAAAGAGCAAGTGGTGAGCTTAGAATTGTCAAAAAGATCTACCATTAAAAGGCTAGCATGTGAGATTAAATGCAGTAAAAGCACTGTTGGTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018765
ATGGCTAGAAGGAATGATCTTTTTTCCTTTGAGAAGGCTGCCATCATCCAATTTTTCTTGAAGGAAGCCAAAGTGGAAAACCAGCTAGAGGCAAGATCAATGCTGCGGTGCAAAACTGGAGTTGTTGCCAACGAACGATTAGTCGTATTTGGGCAGCTGCAAATAAACAAAGAGCAAGTGGTGAGCTTAGAATTGTCAAAAAGATCTACCATTAAAAGGCTAGCATGTGAGATTAAATGCAGTAAAAGCACTGTTGGTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803452.1
MARRNDLFSFEKAAIIQFFLKEAKVENQLEARSMLRCKTGVVANERLVVFGQLQINKEQVVSLELSKRSTIKRLACEIKCSKSTVGIWIKSGLIIPHSSAIKPDLTAPNKLLRLQFSLEALEYDRILRSLTFKSMHNTVHIDGKWFYIIKSAQKFYLIPEEIEPHRTCKNKKFMCAVCRPVFGADGVCLFDEKIGIFPFNKLVPAKRNSKNMAVGTMEWKPIQSIIKQVVKDCLIYKIIPAIKAKWPANASKTIYMAIQS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器