当前解析结果
SmilChr03G002411| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002411 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002411 |
| 描述 | mitochondrial uncoupling protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 38313209 - 38316577 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016597 |
|---|---|
| GeneID | 131016597 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016597 |
| 原始查询 | SmilChr03G002411 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mitochondrial uncoupling protein 1 |
| 产物 | mitochondrial uncoupling protein 1 |
| Arabidopsis | AT3G54110 (PUMP1)plant uncoupling mitochondrial protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824578] identity=83.9; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os11g0707800 (OsUCP2)- identity=80.3; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0006839 (mitochondrial transport); GO:0017077 (oxidative phosphorylation uncoupler activity); GO:0031966 (mitochondrial membrane); GO:1990542 (mitochondrial transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00153 (Mito_carr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016597 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057801291.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057801291.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 1.00000 | XP_057801291.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801291.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801291.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:38313557 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,B1,B80,C44,C60 |
Chr3:38315005 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,C63,C67 |
Chr3:38315309 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
Chr3:38315437 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr3:38315477 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A6 |
Chr3:38315562 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,D9 |
Chr3:38315564 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801291.1PF00153
Mito_carr 11-107 aa
PF00153
Mito_carr 113-207 aa
PF00153
Mito_carr 213-298 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801291.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 11 | 107 | 2.1e-67 | 223.6 | Mitochondrial carrier protein |
XP_057801291.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 113 | 207 | 2.1e-67 | 223.6 | Mitochondrial carrier protein |
XP_057801291.1 |
Pfam | PF00153 |
Mito_carr | Repeat | 213 | 298 | 2.1e-67 | 223.6 | Mitochondrial carrier protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。