Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002421

染色体: Chr03 坐标: 38436254-38437540 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002421
名称SmilChr03G002421
描述uncharacterized SmilChr03G002421
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向38436254 - 38437540 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018769
GeneID131018769
locus_tag-
NCBI NameLOC131018769
原始查询SmilChr03G002421

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018769

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803457.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057803457.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057803457.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803457.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803457.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:38436427 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C37
Chr3:38436427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr3:38436468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B48,B65
Chr3:38436545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B42,B92
Chr3:38436556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B33,C23
Chr3:38436692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr3:38436699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B20,B47
Chr3:38436741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C65
Chr3:38436751 C CGA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B20,B47,D4
Chr3:38436751 C CGA 2bp_insertion CDS_variant 3 B20,B47,D4
Chr3:38436818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,C28,C74
Chr3:38436834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B4,B9,B97,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947474.1
ATGAAGAAGCTTGTCACTCCGAAGCTTGTCACTCCGAAGCTTGTCACTCCAAGTTTGGAATTGGTTCATCATGCTCAATATGTTGAGCAACTTCAACATATCAAAGTTCTCTATACGTCATCTCTCTCTAATAACAGTACTATAGCTCAGACATCTCTTGATCAGTGGAGTACTTCTCAGAAAAAACTCTATTCTTCTTATTTTGATTTTCACTTAGTCAACACGATTATTCCACTATTTGAAATGGTTTATGCTTTGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018769
ATGAAGAAGCTTGTCACTCCGAAGCTTGTCACTCCGAAGCTTGTCACTCCAAGTTTGGAATTGGTTCATCATGCTCAATATGTTGAGCAACTTCAACATATCAAAGTTCTCTATACGTCATCTCTCTCTAATAACAGTACTATAGCTCAGACATCTCTTGATCAGTGGAGTACTTCTCAGAAAAAACTCTATTCTTCTTATTTTGATTTTCACTTAGTCAACACGATTATTCCACTATTTGAAATGGTTTATGCTTTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803457.1
MKKLVTPKLVTPKLVTPSLELVHHAQYVEQLQHIKVLYTSSLSNNSTIAQTSLDQWSTSQKKLYSSYFDFHLVNTIIPLFEMVYALCGCKLDEVFAILNDPSYVCRTRMLSMEKYLLTVGSIGSVCAIGYVRAFLEKFEQLPESYGKKTFDFCEQRGLKLFMEFTGLTKRFAAKGKTDNPKKDLGKGATADEGKDVGNSALEKDLGKGAALDEGKDVGNSALEKDLGKGAAPDEGKDVENSALEKYLGKGAAVDEGTDVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器